Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002435`

染色体: Chr03 坐标: 38669014-38669828 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002435`
名称	SmilChr03G002435
描述	copper transporter 6-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	38669014 - 38669828 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016625`
GeneID	`131016625`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016625`
原始查询	`SmilChr03G002435`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	copper transporter 6-like
产物	copper transporter 6-like
Arabidopsis	`AT2G26975` (COPT6) Ctr copper transporter family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817239] identity=46.6; qcov=0.853; evalue=6.97e-30; confidence=medium
Rice	`Os01g0770700` (COPT1) - identity=50.9; qcov=0.718; evalue=5.28e-22; confidence=medium
GO	GO:0005375 (copper ion transmembrane transporter activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006878 (intracellular copper ion homeostasis); GO:0035434 (copper ion transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF04145 (Ctr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016625

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057801317.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057801317.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.20000	`XP_057801317.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801317.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801317.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:38669234`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B23,D10
`Chr3:38669276`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr3:38669338`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr3:38669403`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr3:38669436`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr3:38669476`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,C31
`Chr3:38669572`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr3:38669627`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801317.1

156 aa

156

Ctr

PF04145 Ctr 86-139 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801317.1`	Pfam	`PF04145`	Ctr	Family	86	139	4.3e-13	50.8	Ctr copper transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945334.1
ATACACAAACTGGCCTAGGGCAATCCGATATGGTCCTTGATTTAAACTCCTCAAAAAATCTTTTAAAAAGAATCTTTCAAGAATTCCAAAATATTAAATAACAATCATTCTTCATTTACAATTCTCAAACACGCTATCATTGAAATTATCGAAAGAAACATGTCAAATGATAGTGGAAACATGAGCATGCCGATGCCAATGCCAATGCCGTCGCCGCCGTCAGCGTACAACAACCAAAGCACTATGTACATGCACGAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016625
ATGTCAAATGATAGTGGAAACATGAGCATGCCGATGCCAATGCCAATGCCGTCGCCGCCGTCAGCGTACAACAACCAAAGCACTATGTACATGCACGAAATGCCCATGATGCAGATGAGCTTCTTCTGGGGCAAAGACGTGGTGGTCCTTTTCTCTGGCTGGCCGGGCTCCGGCCGCCTTGGAATGTACATACTAGCACTGGCCGCGGTGTTTCTGTTGGCGGTCGCCACCGAGGTTTTTTCGGTGGCTCCGAATTTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801317.1
MSNDSGNMSMPMPMPMPSPPSAYNNQSTMYMHEMPMMQMSFFWGKDVVVLFSGWPGSGRLGMYILALAAVFLLAVATEVFSVAPNFKPPAVRPAVGAAVYAAVYAVRMTLAYFVMLSVMSFNVGVFLVAVAGHAAGRFAVKYRALTAVARASAEDP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器