Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002440`

染色体: Chr03 坐标: 38740265-38741618 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002440`
名称	SmilChr03G002440
描述	uncharacterized SmilChr03G002440
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	38740265 - 38741618 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018776`
GeneID	`131018776`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018776`
原始查询	`SmilChr03G002440`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G35695` (AT5G35695) nuclease HARBI1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833543] identity=59; qcov=0.451; evalue=3.05e-68; confidence=medium
Rice	`Os08g0106900` - identity=42.7; qcov=0.796; evalue=8.49e-83; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01609 (DDE_Tnp_1); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018776

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803463.1`
2	Chromosome	染色体	0.60000	`XP_057803463.1`
3	Telomere	端粒	0.40000	`XP_057803463.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803463.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803463.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:38740277`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr3:38740295`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	A8,B31,B93,C19,C83,C84
`Chr3:38740337`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,B129,B78
`Chr3:38740340`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:38740344`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	D4
`Chr3:38740344`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	D4
`Chr3:38740347`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	1	D4
`Chr3:38740347`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	D4
`Chr3:38740359`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,B111,B21,B47,D9
`Chr3:38740369`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:38740370`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr3:38740402`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803463.1

421 aa

210

421

DUF8040

DDE_Tnp_1

DDE_Tnp_4

PF26138 DUF8040 67-157 aa PF01609 DDE_Tnp_1 187-334 aa PF13359 DDE_Tnp_4 193-354 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803463.1`	Pfam	`PF26138`	DUF8040	Domain	67	157	1.5e-23	83.2	Domain of unknown function (DUF8040)
`XP_057803463.1`	Pfam	`PF01609`	DDE_Tnp_1	Domain	187	334	1.5e-10	41.9	Transposase DDE domain
`XP_057803463.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	193	354	1.6e-23	83.8	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947480.1
ATGAATTATGAAGATAAAATTGAAGATGAAATGGAAGATGAACTTGAAGATGAAATTGAAACAGAAATGGAGCTCGAATATTATGATCAGGTCAGGCTTTTGATGGAGGCAACTAAGGCAATTATCATTTTATTGGGAAGAATTATGACGATGCCTCCGACCATTGACAACTCTTTGATGCGACGACCAAAAACTAGGGAAGGCTTCCATTTTGTACGTAATATGCTCGATGGAGATCCAAACAGTTTTCGACAGTTGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018776
ATGAATTATGAAGATAAAATTGAAGATGAAATGGAAGATGAACTTGAAGATGAAATTGAAACAGAAATGGAGCTCGAATATTATGATCAGGTCAGGCTTTTGATGGAGGCAACTAAGGCAATTATCATTTTATTGGGAAGAATTATGACGATGCCTCCGACCATTGACAACTCTTTGATGCGACGACCAAAAACTAGGGAAGGCTTCCATTTTGTACGTAATATGCTCGATGGAGATCCAAACAGTTTTCGACAGTTGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803463.1
MNYEDKIEDEMEDELEDEIETEMELEYYDQVRLLMEATKAIIILLGRIMTMPPTIDNSLMRRPKTREGFHFVRNMLDGDPNSFRQLYRMYPDVFLKLCQIIREKTHVQDTRYTTVEEMVATFLIIVGHNDRYCNVRQRFGRSHFATSQNFNKILRALNTIAPDMMVKPTTAIPAKIRESTRFYPFFKDCIGAIDGTHIPATVIGRDVSSYRNRHGVQSQNVLAACNFDLQFIYVLSGWEGSAHDSKLLTDALSRPNGLHV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器