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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002442

染色体: Chr03 坐标: 38815045-38816656 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002442
名称SmilChr03G002442
描述universal stress protein PHOS34
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向38815045 - 38816656 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016624
GeneID131016624
locus_tag-
NCBI NameLOC131016624
原始查询SmilChr03G002442

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述universal stress protein PHOS34
产物universal stress protein PHOS34
ArabidopsisAT3G53990 (AT3G53990)
Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824566]
identity=69.4; qcov=0.976; evalue=3.7e-81; confidence=high
RiceOs01g0849600
-
identity=59.7; qcov=0.939; evalue=2.47e-71; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00582 (Usp)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016624

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057801316.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057801316.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057801316.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057801316.1
5 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057801316.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:38815410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C31
Chr3:38815483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:38815510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B2
Chr3:38815549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C31
Chr3:38815767 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr3:38816441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B64,C24
Chr3:38816497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B20,B47,C33,C48,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801316.1
164 aa
N
1
82
164
Usp
C
PF00582 Usp 5-157 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801316.1 Pfam PF00582 Usp Domain 5 157 2.5e-33 116.3 Universal stress protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945333.1
ACATCAACGAAGCTATAAAACTTTTTTTTTTTTTGAGAGAATACTATAAAACTCTTTAAATGTCTATGCTTGTGACAATATTTTGGAGGTTTTTTCGTACAAGAATACAAATTCGAAATTTTATATTTATATCCTTGTCTGGATAAAGATTACAGATAATAATGTGATTAGTGACTAATTTGATTGAGTTGAGCTGAGCACACGGTATTCCTCATAAAAGTCGACTCCACAAGTATACGGAGTATTTAGCCTTTTGGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016624
ATGGTGAAAGACAGGAAAATTGGAGTGGCGATGGATTTCTCCAAGAGCAGCAAGGCGGCGCTGCAGTGGTCGATCGACAATCTCGCCGATAAAGGCGACACATTCTACATCATCCACATCAAATCTCACTCTTCCGATGAATCGCGCAACAAGCTCTGGAAGGAATCCGGTTCTCCTCTGATTCCATTGTCGGAGTTTCGTGAACCGGAGGTGATGAAGAAGTATGATGTGCCTACTGATATCGAACTTCTCGACATGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801316.1
MVKDRKIGVAMDFSKSSKAALQWSIDNLADKGDTFYIIHIKSHSSDESRNKLWKESGSPLIPLSEFREPEVMKKYDVPTDIELLDMLDTAARQKEITVVTKLFWGDAREKICEAAEDMKLDSLVMGSRGLSTIKRIILGSVTNYVVSTANCPVTIVKDPELPKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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