当前解析结果
SmilChr03G002442| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002442 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002442 |
| 描述 | universal stress protein PHOS34 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 38815045 - 38816656 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131016624 |
|---|---|
| GeneID | 131016624 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016624 |
| 原始查询 | SmilChr03G002442 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | universal stress protein PHOS34 |
| 产物 | universal stress protein PHOS34 |
| Arabidopsis | AT3G53990 (AT3G53990)Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824566] identity=69.4; qcov=0.976; evalue=3.7e-81; confidence=high |
| Rice | Os01g0849600- identity=59.7; qcov=0.939; evalue=2.47e-71; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00582 (Usp) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016624 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057801316.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057801316.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057801316.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057801316.1 |
| 5 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057801316.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:38815410 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B58,C31 |
Chr3:38815483 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr3:38815510 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A1,B2 |
Chr3:38815549 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B58,C31 |
Chr3:38815767 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
Chr3:38816441 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B35,B64,C24 |
Chr3:38816497 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B20,B47,C33,C48,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801316.1PF00582
Usp 5-157 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801316.1 |
Pfam | PF00582 |
Usp | Domain | 5 | 157 | 2.5e-33 | 116.3 | Universal stress protein family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。