Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002456`

染色体: Chr03 坐标: 38911934-38915467 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002456`
名称	SmilChr03G002456
描述	rop guanine nucleotide exchange factor 7-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	38911934 - 38915467 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016618`
GeneID	`131016618`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016618`
原始查询	`SmilChr03G002456`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	rop guanine nucleotide exchange factor 7-like
产物	rop guanine nucleotide exchange factor 7-like
Arabidopsis	`AT5G02010` (ROPGEF7) RHO guanyl-nucleotide exchange factor 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831858] identity=65; qcov=0.856; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0849100` (OsRacGEF1) - identity=62.4; qcov=0.872; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005085 (guanyl-nucleotide exchange factor activity)
KEGG	-
Pfam	PF03759 (PRONE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016618

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801308.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057801308.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801308.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801308.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801308.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:38912567`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,B86
`Chr3:38913873`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr3:38914431`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B132,C37
`Chr3:38914444`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,B9,C27
`Chr3:38914448`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr3:38914577`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr3:38914602`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr3:38914887`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B132,B33,B9,C27
`Chr3:38914890`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B1,B12,B55,C60
`Chr3:38914926`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:38914934`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B136,B52,C40
`Chr3:38914949`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,C19,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801308.1

564 aa

282

564

PRONE

PF03759 PRONE 90-459 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801308.1`	Pfam	`PF03759`	PRONE	Family	90	459	3.2e-183	609.3	PRONE (Plant-specific Rop nucleotide exchanger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945325.1
GTGGGAGTAATTCTTTTACAAGGAGAAAAGAAGGTGGTTTTGATATCCGGTGGCTACGTGTGGCTTATTTCAAGCAAAGGACCACCATTAGCATTTTCCTCACTCCAATTTCTTAGCTTCTTCTATTTCTACTTCTTTGCAATGCCTAAAGCCTCTCTCTCTCTCTCACACACTCACACGAGTTGCATCATTATGTGCTCGAGTAGTTGAGCAGCTAGCTCTATAGCCTCGAATAATTATTACTCCCATTTTTAAAAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016618
ATGGCGGCGGTTTTGTTGGTTGAAAACGAAATATCTGAAGGGGGGAAAGAAGGGGATTGCGAGAATGAGTGTGGAGTTAGAAAAGACATGGATTTGAATGGAGAAAGCAGCATTTCAAGCTCTGATTTTTTGGCTTCTGAGATTATGTCCAACGATGAAAGTAGTAGCAGTTTTCAAGATTCATCTTCGCCGCCTTCAACTTCTGAGGAAGTTGTTGACAAAGTCCACGTGGACAAGATGAAGTTTGAGAAGCAAAGATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801308.1
MAAVLLVENEISEGGKEGDCENECGVRKDMDLNGESSISSSDFLASEIMSNDESSSSFQDSSSPPSTSEEVVDKVHVDKMKFEKQRSSLSELEMMRERFSKLLLGEDMSGCGNGVCTALAISNAITNLCATLFGQVWRLEPLQVDKKLMWRREMDWILSVSDHIVELIPSWQTFPDGSKLEVMTTRPRSDLYINLPALRKLDNMLLEILDRFEDSEFWYVDQGIVTPNVKGTCSIRKPLPHQEDKWWLPVPRVPPGGISE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器