Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002465`

染色体: Chr03 坐标: 39103129-39103755 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002465`
名称	SmilChr03G002465
描述	uncharacterized SmilChr03G002465
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	39103129 - 39103755 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018783`
GeneID	`131018783`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018783`
原始查询	`SmilChr03G002465`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ral transcription factor 2-related zinc finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822666]; symbol=AT3G29765; hit=AT3G29765; species=arabidopsis; confidence=high
产物	ral transcription factor 2-related zinc finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822666]; symbol=AT3G29765; hit=AT3G29765; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G29765` (AT3G29765) ral transcription factor 2-related zinc finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822666] identity=49.2; qcov=0.918; evalue=1.65e-62; confidence=high
Rice	`Os09g0290900` - identity=74.7; qcov=0.341; evalue=3.4e-36; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14291 (DUF4371)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018783

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803474.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057803474.1`
3	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057803474.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803474.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803474.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:39103135`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,B50
`Chr3:39103168`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,B64,C24
`Chr3:39103175`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B13,B4,B99,C54,C64,C66
`Chr3:39103199`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,B64,C24
`Chr3:39103260`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B103
`Chr3:39103260`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B103
`Chr3:39103279`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,D1
`Chr3:39103333`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B140,B59,B63,B83
`Chr3:39103365`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B28,B46,D3
`Chr3:39103372`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B79,C63
`Chr3:39103372`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B79,C63
`Chr3:39103387`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B13,B99,C54,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803474.1

208 aa

104

208

DUF4371

PF14291 DUF4371 2-31 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803474.1`	Pfam	`PF14291`	DUF4371	Domain	2	31	4.7e-09	36.9	ZMYM1/FAM200, RNase-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947491.1
ATGTCTTTACTTGTTGAACATTCATTGAGTCCATCTAAGATTCGAGGGCAAGGGTATGATGGGGCTACTAACATGAAGGGTGAGATAAATGGCCTCAAGACCTTAATTATGCAAGACACCCCAAGTGCCTATTATGTTCATTGTTTTGCTAATCAACTTCAACTAACTCTTGTAGCCGTTGCTAAAAATAACAATGATTGTGTTTGGCTCTTTGATACGCTTTCAACGTTGTTGAATGTGATTGGAGTTTCTTGTAAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018783
ATGTCTTTACTTGTTGAACATTCATTGAGTCCATCTAAGATTCGAGGGCAAGGGTATGATGGGGCTACTAACATGAAGGGTGAGATAAATGGCCTCAAGACCTTAATTATGCAAGACACCCCAAGTGCCTATTATGTTCATTGTTTTGCTAATCAACTTCAACTAACTCTTGTAGCCGTTGCTAAAAATAACAATGATTGTGTTTGGCTCTTTGATACGCTTTCAACGTTGTTGAATGTGATTGGAGTTTCTTGTAAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803474.1
MSLLVEHSLSPSKIRGQGYDGATNMKGEINGLKTLIMQDTPSAYYVHCFANQLQLTLVAVAKNNNDCVWLFDTLSTLLNVIGVSCKRREMLREFQAQKIAQALEVGELDTRSGLNQELGLKRPGETLWGAHYKTLVNVMNLFSTIVKVLVMIGENDSNSDDKVKAQGILYPLESFDFIFMAQLMSTILGYTNDCVLLCKESIKILLVL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器