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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002481

染色体: Chr03 坐标: 39393354-39396518 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002481
名称SmilChr03G002481
描述transcription factor AS1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向39393354 - 39396518 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016653
GeneID131016653
locus_tag-
NCBI NameLOC131016653
原始查询SmilChr03G002481

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor AS1-like
产物transcription factor AS1-like
ArabidopsisAT2G37630 (AS1)
myb-like HTH transcriptional regulator family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818340]
identity=63; qcov=1.05; evalue=1.11e-150; confidence=high
RiceOs12g0572000 (OsMYB91)
-
identity=58.7; qcov=0.994; evalue=1.59e-124; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016653

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801335.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801335.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801335.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801335.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057801335.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:39393533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B28,B46,D3
Chr3:39393680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B117
Chr3:39393761 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B94,C32,C68,D10
Chr3:39393859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr3:39393938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B28,B46,D3
Chr3:39394007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr3:39394090 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B49,B79
Chr3:39394130 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B117
Chr3:39394151 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,C38,C71
Chr3:39394169 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B13,B22
Chr3:39394259 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:39394313 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B28,B46,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801335.1
346 aa
N
1
173
346
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 4-53 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 7-67 aa PF00249 Myb_DNA-binding 59-94 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 63-110 aa
XP_057801336.1
346 aa
N
1
173
346
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 4-53 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 7-67 aa PF00249 Myb_DNA-binding 59-94 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 63-110 aa
XP_057801337.1
346 aa
N
1
173
346
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 4-53 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 7-67 aa PF00249 Myb_DNA-binding 59-94 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 63-110 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801335.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 4 53 1.8e-21 76.7 Myb-like DNA-binding domain
XP_057801335.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 7 67 8.7e-20 71.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057801335.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 59 94 1.8e-21 76.7 Myb-like DNA-binding domain
XP_057801335.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 63 110 8.7e-20 71.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057801336.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 4 53 1.8e-21 76.7 Myb-like DNA-binding domain
XP_057801336.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 7 67 8.7e-20 71.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057801336.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 59 94 1.8e-21 76.7 Myb-like DNA-binding domain
XP_057801336.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 63 110 8.7e-20 71.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057801337.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 4 53 1.8e-21 76.7 Myb-like DNA-binding domain
XP_057801337.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 7 67 8.7e-20 71.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057801337.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 59 94 1.8e-21 76.7 Myb-like DNA-binding domain
XP_057801337.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 63 110 8.7e-20 71.4 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945352.1
AGGTTGCTGTGCTTCTGTGCTGAGGATCATTACCCAGTAGTCTAGTCACGTCGAGGGGGGCAGGTTTTGCAGAAAATGGGAAAAAGTGGAAGAGTGAGAAAATTAAAGGGGAGCAGTGAAATATCACCCCCCCGCTCCCAACCCCACCCCACCCCACCCAGCCTATACCTTGATGATGATAGTTGCAAAGACCTAGGCTATTGTACGCTGAGAAGAATTTCCCCATTATTGCTCTCTCTCTCTCTCGTTGACCCCTTGCT...
XM_057945354.1
AGGATCATTACCCAGTAGTCTAGTCACGTCGAGGGGGGCAGGTTTTGCAGAAAATGGGAAAAAGTGGAAGAGTGAGAAAATTAAAGGGGAGCAGTGAAATATCACCCCCCCGCTCCCAACCCCACCCCACCCCACCCAGCCTATACCTTGATGATGATAGTTGCAAAGACCTAGGCTATTGTACGCTGAGAAGAATTTCCCCATTATTGCTCTCTCTCTCTCTCGTTGACCCCTTGCTCTCTCTCTCTCTCCTCTTTTCT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131016653
ATGAAGGAAAGGCAGCGGTGGCGAGGTGAAGAGGATGCTCTGCTGCGTGCGTACGTGAAGCAATACGGGCCGAGAGAGTGGCACCTCGTCTCGGAGCGCATGAACCAGCCCCTCAACCGGGACGCGAAATCCTGTCTCGAGAGGTGGAAGAACTATCTCAAGCCGGGCATCAAGAAAGGCTCCCTCACCCAAGAGGAGCAGTCTCTCGTCATCCATCTTCAGGCGAAGCACGGCAACAAATGGAAGAAGATCGCGGCTGA...
LOC131016653
ATGAAGGAAAGGCAGCGGTGGCGAGGTGAAGAGGATGCTCTGCTGCGTGCGTACGTGAAGCAATACGGGCCGAGAGAGTGGCACCTCGTCTCGGAGCGCATGAACCAGCCCCTCAACCGGGACGCGAAATCCTGTCTCGAGAGGTGGAAGAACTATCTCAAGCCGGGCATCAAGAAAGGCTCCCTCACCCAAGAGGAGCAGTCTCTCGTCATCCATCTTCAGGCGAAGCACGGCAACAAATGGAAGAAGATCGCGGCTGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057801335.1
MKERQRWRGEEDALLRAYVKQYGPREWHLVSERMNQPLNRDAKSCLERWKNYLKPGIKKGSLTQEEQSLVIHLQAKHGNKWKKIAAEVPGRTAKRLGKWWEVFKDKQQREHKDNNKEALDPIHDSKYDHLLETFAEKLVNPITMPPTTNGGGAFLQHTDPSPAPSSLPPWLASSSASSPSVTLTLSPPPPSSIPWLQTSDNNASQGLLPFGGIGALPGDSNLLVPDLIECCRELEEGHRAWSAHRKEAAWRLKRVELQLE...
XP_057801336.1
MKERQRWRGEEDALLRAYVKQYGPREWHLVSERMNQPLNRDAKSCLERWKNYLKPGIKKGSLTQEEQSLVIHLQAKHGNKWKKIAAEVPGRTAKRLGKWWEVFKDKQQREHKDNNKEALDPIHDSKYDHLLETFAEKLVNPITMPPTTNGGGAFLQHTDPSPAPSSLPPWLASSSASSPSVTLTLSPPPPSSIPWLQTSDNNASQGLLPFGGIGALPGDSNLLVPDLIECCRELEEGHRAWSAHRKEAAWRLKRVELQLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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