Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002491`

染色体: Chr03 坐标: 39670770-39673911 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002491`
名称	SmilChr03G002491
描述	RHOMBOID-like protein 1
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	39670770 - 39673911 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016660`
GeneID	`131016660`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016660`
原始查询	`SmilChr03G002491`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RHOMBOID-like protein 1
产物	RHOMBOID-like protein 1
Arabidopsis	`AT2G29050` (RBL1) RHOMBOID-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817453] identity=64.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0704800` (OsRhmbd18) - identity=63.1; qcov=0.908; evalue=3.92e-163; confidence=high
GO	GO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF01694 (Rhomboid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016660

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057801347.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057801347.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057801347.1`
4	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.20000	`XP_057801347.1`
5	Vesicle	囊泡	0.20000	`XP_057801347.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:39671149`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B91
`Chr3:39671149`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B91
`Chr3:39671555`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr3:39671594`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr3:39671627`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	B134,B137,B16,B29,B41,B70,B81,C15,C50,C61,D9
`Chr3:39671667`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,B52
`Chr3:39671690`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr3:39671904`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,B86
`Chr3:39671953`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,B86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801347.1

382 aa

191

382

Rhomboid

PF01694 Rhomboid 120-256 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801347.1`	Pfam	`PF01694`	Rhomboid	Domain	120	256	8.6e-42	143.4	Rhomboid domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945364.1
ACTGTGTGTTCCTTTGCTCCGTCTGTGTTTGAAAACTTCAAATTCAAACAGAATGAATTATTGGAGAAGAAGTCAATAAAAGAAATCATAAAAAATTAAGAGGAAGAAGATGAAGCTACAGCTTTTCTTGCGAAGGCCGCTGCTCACGGAAAAAAAGAAAAAAAGTAAACTCAACAAAATCAAACACTTCCTTTATCTCTCATCATGATTTCATTAATCACCTAATTCCCTCTCTCTCAACCAGACAACCACCATTCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016660
ATGGCCGCCATATCAGACACCGCCCCAATGCTCGGTCAGTCGCGGCGGAGCGGCAAAACCATCCACCCCGTCTCGGTGGAGTCTCCATCACCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTACAGGGAGGTGAAGCATTTCAAGAAATGGTTTCCATGGCTGATTCCCACCTTCGTAGTCGCTAACGTGGTGATGTTCGGGATCTCCATGTATGTGAACAACTGCCCCAAGAATTCGATTTCCTGCGTCGCTCGATTTCTCGGAAGGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801347.1
MAAISDTAPMLGQSRRSGKTIHPVSVESPSPAAAAAAYREVKHFKKWFPWLIPTFVVANVVMFGISMYVNNCPKNSISCVARFLGRFSFQPFKENPLLGPSSSALLKMGALDVSKVVDKHQGWRLITCMWLHGGVFHLLANMLSLIVIGIRLEQEFGFVRVGLLYLISGLGGSLLSALFIQSNISVGASGALFGLLGGMLAELIVNWTIYANKVAALFTLVIIIAINLAVGILPHVDNFAHIGGFFSGFLLGFIFLIRPQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器