Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002504

染色体: Chr03 坐标: 39882983-39884251 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002504
名称SmilChr03G002504
描述metallothionein-like protein type 2
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向39882983 - 39884251 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016669
GeneID131016669
locus_tag-
NCBI NameLOC131016669
原始查询SmilChr03G002504

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述metallothionein-like protein type 2
产物metallothionein-like protein type 2
ArabidopsisAT3G09390 (MT2A)
metallothionein 2A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820098]
identity=56.8; qcov=1.02; evalue=3.53e-06; confidence=low
RiceOs12g0570700 (OsMT1a)
-
identity=55.6; qcov=1.02; evalue=2.95e-18; confidence=low
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF01439 (Metallothio_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016669

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057801360.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057801361.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057801361.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057801361.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801360.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:39883501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,C16,C34,C63,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801360.1
112 aa
N
1
56
112
Metallothio_2
C
PF01439 Metallothio_2 1-53 aa
XP_057801361.1
79 aa
N
1
40
79
Metallothio_2
C
PF01439 Metallothio_2 1-78 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801360.1 Pfam PF01439 Metallothio_2 Family 1 53 1.6e-20 74.6 Metallothionein
XP_057801361.1 Pfam PF01439 Metallothio_2 Family 1 78 5.7e-28 98.4 Metallothionein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945378.1
TATGCAGGTAGAGAAGAAGACAAGAATCAGTTGTGACGTTGATGATTATCATGAATTCAATTAATTTGGTTTGTTATCAAAGATGAATTGCGGCATACCATTTTCCTTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTCAACAGTAACCATTGATAGCGACCGATACGTGGAGCGTGGTATGGCGGGTGCAGGCGTGGGCCGAGTTTCGGGACCACGACCTTGCCACGTGTACGGTGGATCTCCACCGCCCCCGACTCCCCCTCCCCTAT...
XM_057945377.1
ATACCATTTTCCTTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTCAACAGTAACCATTGATAGCGACCGATACGTGGAGCGTGGTATGGCGGGTGCAGGCGTGGGCCGAGTTTCGGGACCACGACCTTGCCACGTGTACGGTGGATCTCCACCGCCCCCGACTCCCCCTCCCCTATAAATCCCCCTCTTCCACTTCCCTCATCATCATCAACTCATTTTTCTCTCTCTCACAAATCTCCCCTTTTATTCCCCTTTCCCATTCAATCAACC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016669
ATGTCTTGCTGCGGAGGAAACTGTGGCTGTGGATCTAGCTGCGGCTGCGGCAGCGGCTGCAGCGGCTGCAAGATGCACGCTGACTTGAGCTACTCGGAGGCCGCCGCCGCCACTCAGACCTTGGTTCTCGGCGTTGCCCCCCAAAAGACGTACGTATCTCCTTTAATTTCTCATATTCAACAGATCATGATGAACCCTAAACTGAATGTTGGTGCAGATATTTTGATGGGGAGTCTGCAGAGGTGGGTGCTGAGAACGGC...
LOC131016669
ATGTCTTGCTGCGGAGGAAACTGTGGCTGTGGATCTAGCTGCGGCTGCGGCAGCGGCTGCAGCGGCTGCAAGATGCACGCTGACTTGAGCTACTCGGAGGCCGCCGCCGCCACTCAGACCTTGGTTCTCGGCGTTGCCCCCCAAAAGACATATTTTGATGGGGAGTCTGCAGAGGTGGGTGCTGAGAACGGCTGCAAGTGCGGAGATAACTGCACCTGCAATCCATGCAACTGCAAATGA

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057801360.1
MSCCGGNCGCGSSCGCGSGCSGCKMHADLSYSEAAAATQTLVLGVAPQKTYVSPLISHIQQIMMNPKLNVGADILMGSLQRWVLRTAASAEITAPAIHATANEVKNRATKQR
XP_057801361.1
MSCCGGNCGCGSSCGCGSGCSGCKMHADLSYSEAAAATQTLVLGVAPQKTYFDGESAEVGAENGCKCGDNCTCNPCNCK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器