Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002528`

染色体: Chr03 坐标: 40314598-40315061 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002528`
名称	SmilChr03G002528
描述	histone H4
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	40314598 - 40315061 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016690`
GeneID	`131016690`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016690`
原始查询	`SmilChr03G002528`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	histone H4
产物	histone H4
Arabidopsis	`AT3G53730` (AT3G53730) Histone superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824540] identity=100; qcov=1; evalue=2.99e-68; confidence=high
Rice	`Os04g0583600` (OSJNBb0064P21.1) - identity=100; qcov=1; evalue=2.04e-68; confidence=high
GO	GO:0000786 (nucleosome); GO:0003677 (DNA binding); GO:0006334 (nucleosome assembly); GO:0030527 (structural constituent of chromatin); GO:0046982 (protein heterodimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF02969 (TAF); PF15511 (CENP-T_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016690

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801377.1`
2	Chromosome	染色体	1.00000	`XP_057801377.1`
3	Chromatin	染色质	0.20000	`XP_057801377.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057801377.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801377.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:40314803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr3:40314816`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr3:40314831`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr3:40314849`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C77
`Chr3:40314872`	`C`	`CCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	B11,B21,B67,B83,B96,C28,C83
`Chr3:40314874`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	8	B11,B18,B21,B67,B83,B96,C28,C83
`Chr3:40314895`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B140,C42,C55,C86
`Chr3:40314966`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B67,C33,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801377.1

103 aa

103

TAF

CENP-T_C

PF02969 TAF 34-92 aa PF15511 CENP-T_C 44-96 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801377.1`	Pfam	`PF02969`	TAF	Domain	34	92	0.00014	22.7	TATA box binding protein associated factor (TAF)
`XP_057801377.1`	Pfam	`PF15511`	CENP-T_C	Domain	44	96	2.5e-08	34.7	Centromere kinetochore component CENP-T histone fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945394.1
ATGTCGGGCCGTGGAAAGGGAGGCAAGGGGTTGGGCAAGGGAGGTGCGAAACGACACCGTAAGGTGCTCCGGGACAACATTCAAGGAATCACGAAGCCGGCGATTCGCCGTCTGGCTCGCAGGGGCGGCGTCAAGCGCATCAGCGGCCTGATCTATGAAGAAACTCGTGGCGTTTTGAAGATCTTCCTTGAGAACGTGATCCGTGACGCCGTGACCTACACCGAGCACGCCCGCCGGAAAACGGTGACGGCTATGGACGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016690
ATGTCGGGCCGTGGAAAGGGAGGCAAGGGGTTGGGCAAGGGAGGTGCGAAACGACACCGTAAGGTGCTCCGGGACAACATTCAAGGAATCACGAAGCCGGCGATTCGCCGTCTGGCTCGCAGGGGCGGCGTCAAGCGCATCAGCGGCCTGATCTATGAAGAAACTCGTGGCGTTTTGAAGATCTTCCTTGAGAACGTGATCCGTGACGCCGTGACCTACACCGAGCACGCCCGCCGGAAAACGGTGACGGCTATGGACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801377.1
MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKIFLENVIRDAVTYTEHARRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器