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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002537

染色体: Chr03 坐标: 40441379-40443198 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002537
名称SmilChr03G002537
描述actin-depolymerizing factor 1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向40441379 - 40443198 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016698
GeneID131016698
locus_tag-
NCBI NameLOC131016698
原始查询SmilChr03G002537

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述actin-depolymerizing factor 1-like
产物actin-depolymerizing factor 1-like
ArabidopsisAT5G59890 (ADF4)
actin depolymerizing factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836111]
identity=87.6; qcov=0.986; evalue=1.87e-89; confidence=high
RiceOs02g0663800 (OsADF1)
-
identity=72.7; qcov=1; evalue=8.49e-80; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0015629 (actin cytoskeleton); GO:0030042 (actin filament depolymerization); GO:0051015 (actin filament binding)
KEGG-
PfamPF00241 (Cofilin_ADF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016698

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 0.80000 XP_057801383.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057801383.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057801383.1
4 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057801383.1
5 Cell projection 细胞突起 0.20000 XP_057801383.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:40441756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,D4
Chr3:40442101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr3:40442128 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr3:40442179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801383.1
139 aa
N
1
70
139
Cofilin_ADF
C
PF00241 Cofilin_ADF 7-137 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801383.1 Pfam PF00241 Cofilin_ADF Domain 7 137 5.3e-41 140.1 Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945400.1
TTAGTGAAAAAAGTACTAAATTAATTGACACCGAATATCAAATAGTAATTGTAGAGAAGCGTACGCGGCGTCACGCAACCGCTTTTAATCTGGTTTCACACGCAGTAAAACCAAGTAAAAAAACCCTACCGCATCCCCTCAATAAAGAGTCGTCCAAAACTCGCACGTTATCGCTCGCTCTCTCTCACATTCCCTTTTTCTCCCTCTCTCTAAAATTCCTCTCCTTTTCTTTCTACATAGTCCTGCGTTGGTCTTCGTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016698
ATGGCGAATGCAGCATCTGGGATGGCCGTTCATGATGATTGCAAGTTGAGATTCTTGGAACTGAAGGCGAAGAGGACTTATCGCTACATTATCTTTAAGATAGAAGAGAAACAGAAGCAGGTTGTTGTTGAAAAAGTTGGTGAGCCAACTGAAACCTATGAGGACTTTGCTGCTAGTGTCCCTGCTGAGGAATGTCGCTATTGCATCTACGATTTTGACTTTGTGACTGCAGAGAATTGCCAGAAAAGCAAGATTTTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801383.1
MANAASGMAVHDDCKLRFLELKAKRTYRYIIFKIEEKQKQVVVEKVGEPTETYEDFAASVPAEECRYCIYDFDFVTAENCQKSKIFFIAWSPDSSRIRSKMIYASSKDRFKRELDGIQVELQATDPTEMGLDVIKSRAI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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