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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002539

染色体: Chr03 坐标: 40549220-40551276 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002539
名称SmilChr03G002539
描述uncharacterized SmilChr03G002539
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向40549220 - 40551276 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016700
GeneID131016700
locus_tag-
NCBI NameLOC131016700
原始查询SmilChr03G002539

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0285100; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os03g0285100; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT3G53470 (AT3G53470)
2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824515]
identity=52.3; qcov=0.748; evalue=1.03e-28; confidence=medium
RiceOs03g0285100
-
identity=73.4; qcov=0.552; evalue=1.74e-36; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016700

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057801385.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.60000 XP_057801385.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801385.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801385.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801385.1

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EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:40549265 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 3 C2,C53,C54
Chr3:40549265 TC T 1bp_deletion CDS_variant 3 C2,C53,C54
Chr3:40549281 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 27 A11,A14,A19,A5,A7,A9,B126,B130,B138,B32,B33,B4,B58,B62,B67,B7,B80,B82,B97,C31,C46,C51,C53,C65,C73,C80,C87
Chr3:40549451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr3:40550981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B58,B80,C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945402.1
ATGAAATGCGATTTCCTCAACGAGTCACTCCAACAGTCTCCACTCTCCAGCTTTACAATTTTCCCACAACTAAAAATAATTCTGCGGCTAAAAATTGCAGAATCCATTGAAGCAGCCATGGATATTCGACTTCGAATCGGAAGCCTATATTCTCACACTTGTCTCAATCTCACATCAAATTCCAAATTTCTCAAACCGCGCTGCGCGAGAGGGCCACCTCCTCAGCAAAATGACGACAACAGTAACGATGATAAATTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016700
ATGAAATGCGATTTCCTCAACGAGTCACTCCAACAGTCTCCACTCTCCAGCTTTACAATTTTCCCACAACTAAAAATAATTCTGCGGCTAAAAATTGCAGAATCCATTGAAGCAGCCATGGATATTCGACTTCGAATCGGAAGCCTATATTCTCACACTTGTCTCAATCTCACATCAAATTCCAAATTTCTCAAACCGCGCTGCGCGAGAGGGCCACCTCCTCAGCAAAATGACGACAACAGTAACGATGATAAATTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801385.1
MKCDFLNESLQQSPLSSFTIFPQLKIILRLKIAESIEAAMDIRLRIGSLYSHTCLNLTSNSKFLKPRCARGPPPQQNDDNSNDDKFSRDWDKAWSSFKKKGKKTLFSGFSPDKYVSWNPRRSEYPLSEEVDPIKRSERSNLMD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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