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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002541

染色体: Chr03 坐标: 40575526-40577406 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002541
名称SmilChr03G002541
描述7-deoxyloganetic acid glucosyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向40575526 - 40577406 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016702
GeneID131016702
locus_tag-
NCBI NameLOC131016702
原始查询SmilChr03G002541

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述7-deoxyloganetic acid glucosyltransferase-like
产物7-deoxyloganetic acid glucosyltransferase-like
ArabidopsisAT1G22380 (UGT85A3)
UDP-glucosyl transferase 85A3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838845]
identity=39.5; qcov=1.01; evalue=1.38e-113; confidence=medium
RiceOs07g0486700
-
identity=42.7; qcov=1.01; evalue=8e-130; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016702

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057801386.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057801386.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801386.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801386.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801386.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:40575771 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B63,B83,C64,C66
Chr3:40575832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B82,C6,D5,D7
Chr3:40575856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B98
Chr3:40575919 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C31
Chr3:40576009 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C53,C54
Chr3:40576021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B5,B57
Chr3:40576369 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B31
Chr3:40576398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr3:40576425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C55,D8
Chr3:40576556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr3:40576577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C53,C54
Chr3:40576609 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B24,B49,C26,C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801386.1
480 aa
N
1
240
480
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 289-420 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801386.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 289 420 2.4e-24 86.8 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945403.1
CGCTGGGTTAGGTTGGGCCGGGCCGGCCCGCAAGGTTTGACAGCAGTAGCTATAACCATAAATATCAGTTTCAGTCTCAAATTAGTGCAAATTAAAAATCCAAAAAGCATTAGAATTTTTTTATTCGAAGATGAGTTCGGAAGCAGAAGCAGCGCATGTACTGATATTTCCGATGCCGGTGCAGGGCCACCTCAATTCCATGCTAAACCTATCCCAGCTCTTCTGCTTAGCCGGCTTCCACGTCACCTTCATCATTTCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016702
ATGAGTTCGGAAGCAGAAGCAGCGCATGTACTGATATTTCCGATGCCGGTGCAGGGCCACCTCAATTCCATGCTAAACCTATCCCAGCTCTTCTGCTTAGCCGGCTTCCACGTCACCTTCATCATTTCCGACTTCAGCCACCGCCGCCTCCTCCAGCACACCTCCGTCGCCGCCACCTTCGCCCGTTACCCGGGATTCCAGTTCCGGACTCTCCCCGACGGCCTCCCCGACGACCACCCACGCGCCGGTCAGAGAGCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801386.1
MSSEAEAAHVLIFPMPVQGHLNSMLNLSQLFCLAGFHVTFIISDFSHRRLLQHTSVAATFARYPGFQFRTLPDGLPDDHPRAGQRAMEFLSSVTNVTVPLFKKMMLQENFFAAAGRRPVTCFVADGLLSFAADFTEEIGLPLIYFRTATTSYFWALFCFPRLLQAQEFPFAENSMDELVESIPGMEGFLRRRDLPSFYRVDVNDPMLEKVVAVTRLIVRAQAAIFNTCDDLEGPIVAEIQKHVPRIFSIGPIHEQVKSRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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