当前解析结果
SmilChr03G002541| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002541 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002541 |
| 描述 | 7-deoxyloganetic acid glucosyltransferase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 40575526 - 40577406 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131016702 |
|---|---|
| GeneID | 131016702 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016702 |
| 原始查询 | SmilChr03G002541 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 7-deoxyloganetic acid glucosyltransferase-like |
| 产物 | 7-deoxyloganetic acid glucosyltransferase-like |
| Arabidopsis | AT1G22380 (UGT85A3)UDP-glucosyl transferase 85A3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838845] identity=39.5; qcov=1.01; evalue=1.38e-113; confidence=medium |
| Rice | Os07g0486700- identity=42.7; qcov=1.01; evalue=8e-130; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016702 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057801386.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057801386.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801386.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801386.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057801386.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:40575771 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B63,B83,C64,C66 |
Chr3:40575832 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B82,C6,D5,D7 |
Chr3:40575856 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,B98 |
Chr3:40575919 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B58,C31 |
Chr3:40576009 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C2,C53,C54 |
Chr3:40576021 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B5,B57 |
Chr3:40576369 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B14,B31 |
Chr3:40576398 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B132 |
Chr3:40576425 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C55,D8 |
Chr3:40576556 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C56 |
Chr3:40576577 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C2,C53,C54 |
Chr3:40576609 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B13,B24,B49,C26,C40 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801386.1PF00201
UDPGT 289-420 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801386.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 289 | 420 | 2.4e-24 | 86.8 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。