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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002550`

染色体: Chr03 坐标: 40690547-40691781 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002550`
名称	SmilChr03G002550
描述	E3 ubiquitin-protein ligase SGR9, amyloplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	40690547 - 40691781 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016711`
GeneID	`131016711`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016711`
原始查询	`SmilChr03G002550`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase SGR9, amyloplastic
产物	E3 ubiquitin-protein ligase SGR9%2C amyloplastic
Arabidopsis	`AT5G02750` (SGR9) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831806] identity=47.5; qcov=0.962; evalue=2.39e-66; confidence=high
Rice	`Os05g0408800` - identity=35.5; qcov=1.02; evalue=5.6e-33; confidence=medium
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016711

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057801393.1`
2	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057801393.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057801393.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801393.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801393.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:40690867`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B104,B131,B48
`Chr3:40690900`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B104,B131,B48
`Chr3:40690922`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B11,B55,B89
`Chr3:40690936`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,C76,D8
`Chr3:40690938`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B12,B124,B49,B79
`Chr3:40690957`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B40,B49,C51,C76,C80,D8
`Chr3:40690966`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	16	A1,A10,B104,B122,B49,B55,B87,B89,C17,C18,C2,C26,C51,C60,C76,D8
`Chr3:40690971`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,B89
`Chr3:40691113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B101,B139,B78,B8
`Chr3:40691157`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,C8
`Chr3:40691227`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B48,B74
`Chr3:40691236`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801393.1

287 aa

144

287

zf-rbx1

zf-RING_11

zf-C3HC4_2

zf-RING_2

zf-RING_UBOX

zf-C3HC4

PF12678 zf-rbx1 205-248 aa PF17123 zf-RING_11 206-234 aa PF13923 zf-C3HC4_2 206-247 aa PF13639 zf-RING_2 206-248 aa PF13445 zf-RING_UBOX 207-245 aa PF00097 zf-C3HC4 207-247 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801393.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	205	248	1.5e-08	35.5	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057801393.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	206	234	2.2e-07	31.2	RING-like zinc finger
`XP_057801393.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	206	247	1.3e-07	32.0	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057801393.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	206	248	2.9e-13	50.5	Ring finger domain
`XP_057801393.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	207	245	2e-05	25.2	RING-type zinc-finger
`XP_057801393.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	207	247	0.00015	22.3	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945410.1
TCTGAAGAGGGAAAAATTGCAAATAATTTACTTTACTTTCTCGTTATAGTCAAACACCCTTTATTTTTTTTCCTAACATAAAACTGATTACATATATTTTGAGAGTAGAGCACATGGTTTGCAAGTTGTAAGATGGCAAATTACATGAACTCGACAGAAACCATAATCATGGCGGCTCTCTCCACTCTCTCTCCTCCCCATCTCTCTCATCTCTCCCACTCGATCTCCGCCCTCTTCCGGCGCCACCTCCGCCGCCTGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016711
ATGGCAAATTACATGAACTCGACAGAAACCATAATCATGGCGGCTCTCTCCACTCTCTCTCCTCCCCATCTCTCTCATCTCTCCCACTCGATCTCCGCCCTCTTCCGGCGCCACCTCCGCCGCCTGGTGACCCTCCTCTCGTACCCCACCCTCTTCACCCTGACTCTCCGCCACCTCCAATCCCTCTCCCTCCACCAAAAGTCCCTCCTCATCGCCCGCCACCTCCTCTCCAACCTCACCCTCCTCAACCACGCCATACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801393.1
MANYMNSTETIIMAALSTLSPPHLSHLSHSISALFRRHLRRLVTLLSYPTLFTLTLRHLQSLSLHQKSLLIARHLLSNLTLLNHAIRNPIAAAPPPTSMRLRDLDAVLLLLLLCELHQHDRDFLDAPPPRWRAMLAAYASDAVLRLSSFGGCSNGEALIQFVESARRCWNLVGVMGCGEGKEGRDEAASAAAVVALPSVAVSGGEECVICKEEMKEGRDVCELPCTHLFHWICILRWLKKRNTCPCCRHRLPTDDLRREI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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