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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002551

染色体: Chr03 坐标: 40695246-40697974 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002551
名称SmilChr03G002551
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g37310
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向40695246 - 40697974 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016710
GeneID131016710
locus_tag-
NCBI NameLOC131016710
原始查询SmilChr03G002551

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g37310
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g37310
ArabidopsisAT2G37310 (AT2G37310)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818308]
identity=55; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0283500
-
identity=47.8; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016710

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057801392.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801392.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801392.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801392.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801392.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:40696124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B22,C50
Chr3:40696184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B131,B80,C4
Chr3:40696208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B22,C50
Chr3:40696306 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr3:40696444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,C20,C27
Chr3:40696600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:40696797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,C34
Chr3:40696977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr3:40697231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B58,B80,C31
Chr3:40697239 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,C8,C82
Chr3:40697330 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B74
Chr3:40697444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801392.1
629 aa
N
1
314
629
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR
PPR
E_motif
PPR
C
PF01535 PPR 168-194 aa PF01535 PPR 196-223 aa PF01535 PPR 269-295 aa PF01535 PPR 298-323 aa PF01535 PPR 330-359 aa PF01535 PPR 401-427 aa PF13812 PPR_3 428-474 aa PF13041 PPR_2 428-476 aa PF01535 PPR 431-459 aa PF17177 PPR_long 443-529 aa PF01535 PPR 465-489 aa PF01535 PPR 503-528 aa PF20431 E_motif 547-607 aa PF01535 PPR 569-597 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801392.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 168 194 2.2e-72 235.1 PPR repeat
XP_057801392.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 196 223 2.2e-72 235.1 PPR repeat
XP_057801392.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 269 295 2.2e-72 235.1 PPR repeat
XP_057801392.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 298 323 2.2e-72 235.1 PPR repeat
XP_057801392.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 330 359 2.2e-72 235.1 PPR repeat
XP_057801392.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 401 427 2.2e-72 235.1 PPR repeat
XP_057801392.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 428 474 1.3e-23 83.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057801392.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 428 476 4.1e-59 197.2 PPR repeat family
XP_057801392.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 431 459 2.2e-72 235.1 PPR repeat
XP_057801392.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 443 529 8.1e-11 42.4 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057801392.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 465 489 2.2e-72 235.1 PPR repeat
XP_057801392.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 503 528 2.2e-72 235.1 PPR repeat
XP_057801392.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 547 607 4.1e-13 50.1 E motif
XP_057801392.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 569 597 2.2e-72 235.1 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945409.1
GCGTTTTGAAAATCTGAATGTGAATGAGAAATTTGAATGACAGTCTTAGGCCGCCCCCGCCCACGCCCAAATGCCTGCCCCATCAACTACACTCTCTACGGCCGCCTCATCCAGCGCTGCACCGACCACCGCCTCACGCGCCAGGCTGAGCAGCTCCACGCCCGCCTCATCCTCTCCTCCACCACAGCCGACAACTTCCTCGCCTCCAAGCTCATCGCTTTCTACTCCAAGACCCGCCAGCTTTCCCGCGCCCGCCATGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016710
ATGACAGTCTTAGGCCGCCCCCGCCCACGCCCAAATGCCTGCCCCATCAACTACACTCTCTACGGCCGCCTCATCCAGCGCTGCACCGACCACCGCCTCACGCGCCAGGCTGAGCAGCTCCACGCCCGCCTCATCCTCTCCTCCACCACAGCCGACAACTTCCTCGCCTCCAAGCTCATCGCTTTCTACTCCAAGACCCGCCAGCTTTCCCGCGCCCGCCATGTGTTCGACCAAATTCCGCACAAGAACACCTTCGCCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801392.1
MTVLGRPRPRPNACPINYTLYGRLIQRCTDHRLTRQAEQLHARLILSSTTADNFLASKLIAFYSKTRQLSRARHVFDQIPHKNTFAYNALLIACTVHNHHAHVLDLFTSLLSRRPDRLDLEDVNPDSFTLSCVLKSMSEMASNGPLPARIVHCYVVKCGFDSDVFVGNGLVTYYSRCDDVASARDLFDEMPERDLVSWNSMISGYSQGGFFEECKALYRRMLDLDDIRPDGVTAVSVLQACAQSSDLVTGMAVHQYVIEN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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