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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002559

染色体: Chr03 坐标: 40747140-40750800 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002559
名称SmilChr03G002559
描述uncharacterized SmilChr03G002559
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向40747140 - 40750800 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018807
GeneID131018807
locus_tag-
NCBI NameLOC131018807
原始查询SmilChr03G002559

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018807

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803498.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057803498.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803498.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803498.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803498.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:40747140 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 18 A5,B113,B136,B16,B19,B45,B59,B6,B8,C38,C44,C50,C65,C69,C7,C78,C82,D2
Chr3:40747144 T TTG 2bp_insertion frameshift_variant 1 C9
Chr3:40747144 T TTG 2bp_insertion CDS_variant 1 C9
Chr3:40747753 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B94
Chr3:40747753 GCA G 2bp_deletion CDS_variant 1 B94
Chr3:40747773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr3:40747834 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 6 A14,B5,B50,B6,B77,B94
Chr3:40747842 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 37 A22,A6,A8,B102,B108,B111,B125,B127,B134,B137,B16,B24,B29,B35,B44,B63,B64,B66,B71,B75,B81,B98,C15,C16,C23,C33,C37,C39,C4,C44,C54,C60,C64,C80,C84,D2,D9
Chr3:40747847 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 34 A22,A6,A8,B102,B108,B111,B127,B134,B137,B16,B24,B29,B35,B44,B63,B64,B66,B71,B75,B81,C15,C16,C23,C33,C37,C39,C4,C44,C54,C64,C80,C84,D2,D9
Chr3:40747856 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 34 A22,A6,A8,B102,B108,B111,B127,B134,B137,B16,B24,B29,B35,B44,B63,B64,B66,B71,B75,B81,C15,C16,C23,C33,C37,C39,C4,C44,C54,C64,C80,C84,D2,D9
Chr3:40747894 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr3:40747910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B126,B131,B67,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947515.1
ATGATTCATCACGACGGAATTCCTCCTCCCCCTCTTCTTCTTCAACACTGCTGCGCCCCCACCTCTCAATCTCTTTCACTCTCTCGGCTGACACATACACACTCAATCGGATCTCCCTCTCTCCCTTTTTTGGAATCACGCACGCTGGCACACACACACACAGATCAGCACGCCGCCCCCTCTTCTCTCCACCCTCATCTCCGGCCAACACCGGCCCTCCTCCGACGAGCAGCGACCTACGGTCACCGCCGCGCCACCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018807
ATGATTCATCACGACGGAATTCCTCCTCCCCCTCTTCTTCTTCAACACTGCTGCGCCCCCACCTCTCAATCTCTTTCACTCTCTCGGCTGACACATACACACTCAATCGGATCTCCCTCTCTCCCTTTTTTGGAATCACGCACGCTGGCACACACACACACAGATCAGCACGCCGCCCCCTCTTCTCTCCACCCTCATCTCCGGCCAACACCGGCCCTCCTCCGACGAGCAGCGACCTACGGTCACCGCCGCGCCACCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803498.1
MIHHDGIPPPPLLLQHCCAPTSQSLSLSRLTHTHSIGSPSLPFLESRTLAHTHTDQHAAPSSLHPHLRPTPALLRRAATYGHRRATTPLSQAPPLWLHFRRSSARPPSSSLIPLISFPPWLRPAAVVSSPPAAVSLYPKSDGSEPPPVARLTALASPSLALDSGRQQQLTTAAVAALARLGSHNIRQPTIKQSSSVLQVGGGINTSNALTYIDEGASHFIKQVLKMNESTDCRKM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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