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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002562

染色体: Chr03 坐标: 40820638-40821840 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002562
名称SmilChr03G002562
描述probable membrane-associated kinase regulator 4
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向40820638 - 40821840 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016721
GeneID131016721
locus_tag-
NCBI NameLOC131016721
原始查询SmilChr03G002562

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable membrane-associated kinase regulator 4
产物probable membrane-associated kinase regulator 4
ArabidopsisAT2G39370 (MAKR4)
membrane-associated kinase regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818522]
identity=33.2; qcov=1.26; evalue=2.03e-14; confidence=low
RiceOs01g0836900
-
identity=31.2; qcov=1.51; evalue=1.65e-16; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0019210 (kinase inhibitor activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016721

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801407.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057801407.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057801407.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801407.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801407.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:40821087 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 145 A1,A10,A11,A13,A14,A18,A19,A2,A20,A25,A3,A4,A5,A6,A7,B1,B100,B102,B103,B104,B106,B107,B108,B11,B112,B113,B115,B117,B12,B120,B121,B122,B125,B126,B131,B132,B136,B138,B139,B14,B15,B18,B19,B2,B20,B24,B27,B29,B30,B32,B34,B36,B37,B44,B45,B46,B5,B51,B52,B53,B54,B55,B58,B59,B61,B62,B63,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B74,B77,B78,B79,B80,B84,B87,B90,B93,B94,B96,B97,B98,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C2,C20,C22,C24,C28,C29,C3,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C4,C42,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C58,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C7,C71,C72,C73,C76,C78,C79,C8,C82,C84,C85,D11,D3,D4,D5,D7,D8
Chr3:40821306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B85,C28,C59
Chr3:40821315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B3
Chr3:40821539 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr3:40821552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945424.1
TCATAAAAGAAATATTCCTTGTAGTACATGTTATTGAAAAATAATAATCATACCTTTTCTATTCTAGCTTAGGACCACTCCTCGATCTTTAAAGGATGCTTTTTCATCTTCTCTAAATTCACCTCCCCATAACTCCTCTCTCTCTCTCTCGCCTGCTATTTTCACACAGACATAACTGTGTGAAGATTCAGTCTGCTACTCACTCACACACTCAATAACAACATATATAGATTATTTAATTTTAATTAGCGCCTCTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016721
ATGGAATCTCATGTGGCAGCAACAGAAGAAGAAGAATACATAGACATGGAGCTAAGGTGTTCCCCCCAACTCAAAGAATTCGAGTTCCAATATTTGTCCACCTCCACCTCCACCTCCGCCGCCGACGAACTCTTCTACAAAGGCAAACTCCTCCCCCTCCACCTCCCGCCGCGCCGCCAGATGCTCCCATACAACATTTCTCCATCAGAATCTTGCAGAGCGAGCTGCGACCTCAACCCTAGCGACGCTCTCTTTGAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801407.1
MESHVAATEEEEYIDMELRCSPQLKEFEFQYLSTSTSTSAADELFYKGKLLPLHLPPRRQMLPYNISPSESCRASCDLNPSDALFEFSNHPRNTSSSSSKKLKINHSFLAHKLKSSTAYLKSFFTKSDLKYSRFGKKLATLIKKNEIDDHRRSFSGAISSADLSSTSSTASSSFNSHELHFLRRTSSAAEIEVSIDAAIAHCKKSMLDSSLSSSKCE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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