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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002580

染色体: Chr03 坐标: 41033686-41044022 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002580
名称SmilChr03G002580
描述uncharacterized SmilChr03G002580
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向41033686 - 41044022 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016737
GeneID131016737
locus_tag-
NCBI NameLOC131016737
原始查询SmilChr03G002580

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述afadin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824522]; symbol=TRM19; hit=AT3G53540; species=arabidopsis; confidence=low
产物afadin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824522]; symbol=TRM19; hit=AT3G53540; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G53540 (TRM19)
afadin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824522]
identity=27.8; qcov=1.06; evalue=6.46e-54; confidence=low
RiceOs03g0280700
-
identity=29.9; qcov=0.302; evalue=1.7e-17; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF14309 (DUF4378)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016737

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057801428.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057801428.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057801428.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801428.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801428.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:41033989 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B104
Chr3:41034004 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 C71
Chr3:41034004 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 C71
Chr3:41034055 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr3:41034101 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B75,C33,C4,C54,C60
Chr3:41034135 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B28,B46,D3
Chr3:41034238 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr3:41034250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B23,B49,C14,C26
Chr3:41034324 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B43
Chr3:41034324 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B43
Chr3:41034328 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B97,C77
Chr3:41034394 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B113,B78,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801428.1
908 aa
N
1
454
908
DUF4378
C
PF14309 DUF4378 754-904 aa
XP_057801429.1
908 aa
N
1
454
908
DUF4378
C
PF14309 DUF4378 754-904 aa
XP_057801430.1
908 aa
N
1
454
908
DUF4378
C
PF14309 DUF4378 754-904 aa
XP_057801431.1
908 aa
N
1
454
908
DUF4378
C
PF14309 DUF4378 754-904 aa
XP_057801432.1
908 aa
N
1
454
908
DUF4378
C
PF14309 DUF4378 754-904 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801428.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 754 904 2.6e-22 80.7 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057801429.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 754 904 2.6e-22 80.7 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057801430.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 754 904 2.6e-22 80.7 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057801431.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 754 904 2.6e-22 80.7 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057801432.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 754 904 2.6e-22 80.7 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945449.1
AAATCTTCACTCCCTCTACTACATTGGAGCTAAACGTTTCTGAAAAAAAAAAAAGTTTCAAATTGGGAGGGCAGCGGAACTCTCTCTCCAGTTTTCGTTTATTGCTTTCGTGAAGGAAGTCCGTAATCCGATTATTGATTACCGCCATCGTCCTGCTTTTGATAAAGTTCAGTTGACCTACTGAAAAAAGACTTCCTCAGTTTCAGAAGCATATTAGTGTTAGTAGATTGTCTCCGGATTCTGGCTCGTATATCAATGCA...
XM_057945445.1
TACTACATTGGAGCTAAACGTTTCTGAAAAAAAAAAAAGTTTCAAATTGGGAGGGCAGCGGAACTCTCTCTCCAGTTTTCGTTTATTGCTTTCGTGAAGGAAGTCCGTAATCCGATTATTGATTACCGCCATCGTCCTGCTTTTGATAAAGTTCAGTTGACCTACTGAAAAAAGACTTCCTCAGTTTCAGAAGCATATTAGTGTTAGTAGATTGTCTCCGGATTCTGGCTCGTATATCAATGCAAGCATTAGGAATGATG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131016737
ATGGAGATCCGGCAGAGCTCCTTTGGGCGAGCCGCTGATAGGCCATCAGCGAATTTACTGGCAGAAGGAATTTGCAAAGAAACTGAACCCAAGAGACGATCTCTGAGTGGCATTGCTAGATTAATACGACGTGAAGGGCTGCCTGCGCTGTGGAGCGTACATAAACAGAAAAAGCAGTTGTTGGACAGCTATAGGCTGAAAAATACCTCAATTAACATCGAACCAAATAGACAGCTGTATGATGGCCAATCTAACAGGAG...
LOC131016737
ATGGAGATCCGGCAGAGCTCCTTTGGGCGAGCCGCTGATAGGCCATCAGCGAATTTACTGGCAGAAGGAATTTGCAAAGAAACTGAACCCAAGAGACGATCTCTGAGTGGCATTGCTAGATTAATACGACGTGAAGGGCTGCCTGCGCTGTGGAGCGTACATAAACAGAAAAAGCAGTTGTTGGACAGCTATAGGCTGAAAAATACCTCAATTAACATCGAACCAAATAGACAGCTGTATGATGGCCAATCTAACAGGAG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057801428.1
MEIRQSSFGRAADRPSANLLAEGICKETEPKRRSLSGIARLIRREGLPALWSVHKQKKQLLDSYRLKNTSINIEPNRQLYDGQSNRRSPKKQQESKDVYEDLELSPFVNGRCSSRWSASSMLSKSEMAHIKQNLNSKRLTYDETVSEKFHDSEDLDDTLDSRDIMMQFGRKKNSFGNLVYDQRGTSSGSLGNPRALLNPPSSVKYGNAKSRRADRDITGKHNINSYPNRDDGLLLDPHYRHRAGIAHKMSEIQSKEKSKK...
XP_057801429.1
MEIRQSSFGRAADRPSANLLAEGICKETEPKRRSLSGIARLIRREGLPALWSVHKQKKQLLDSYRLKNTSINIEPNRQLYDGQSNRRSPKKQQESKDVYEDLELSPFVNGRCSSRWSASSMLSKSEMAHIKQNLNSKRLTYDETVSEKFHDSEDLDDTLDSRDIMMQFGRKKNSFGNLVYDQRGTSSGSLGNPRALLNPPSSVKYGNAKSRRADRDITGKHNINSYPNRDDGLLLDPHYRHRAGIAHKMSEIQSKEKSKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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