Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002581

染色体: Chr03 坐标: 41073099-41074555 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002581
名称SmilChr03G002581
描述bifunctional dihydroflavonol 4-reductase/flavanone 4-reductase-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向41073099 - 41074555 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016738
GeneID131016738
locus_tag-
NCBI NameLOC131016738
原始查询SmilChr03G002581

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述bifunctional dihydroflavonol 4-reductase/flavanone 4-reductase-like
产物bifunctional dihydroflavonol 4-reductase/flavanone 4-reductase-like
ArabidopsisAT2G33590 (CRL1)
NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817925]
identity=59.1; qcov=0.921; evalue=1.14e-32; confidence=medium
RiceOs06g0623300 (OsCCR8)
-
identity=47.5; qcov=1; evalue=1.56e-26; confidence=medium
GOGO:0016616 (oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016738

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057801433.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057801433.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057801433.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801433.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801433.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:41073347 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B104
Chr3:41073371 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 4 A18,B5,B57,B94
Chr3:41073371 T TG 1bp_insertion CDS_variant 4 A18,B5,B57,B94
Chr3:41073378 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B104,B107,C72
Chr3:41073379 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B104,B107,C72
Chr3:41073408 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C72
Chr3:41073444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B133,B138,B37
Chr3:41074207 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:41074213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:41074229 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 35 A2,A24,B105,B109,B112,B113,B114,B115,B117,B12,B127,B137,B28,B31,B46,B55,B73,B82,B83,B9,B92,C19,C20,C27,C3,C47,C56,C59,C64,C66,C71,C78,C79,C9,D3
Chr3:41074320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945450.1
ACTTAACTTATTGAAAGGAGAGGAGGAGGTCATGGAAAACAATCTACGTGTAATAGTAGATGTACGTGATGTGAGTGAAGCCATGAAATTAGTATATGAGAGACCTAATGCGAAAGGTCGATACATATGCACGTCTCATATGATGAAGAATGAGGAACTGGTGCAAAGCTTCAAGGAAACCTATCCCGACTACAACTACCCCAAGAGCATCAAACAAGGCAGAGACGTGCCACAAGTGAGCTCGGAGAAACTGCAGGGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016738
ATGGAAAACAATCTACGTGTAATAGTAGATGTACGTGATGTGAGTGAAGCCATGAAATTAGTATATGAGAGACCTAATGCGAAAGGTCGATACATATGCACGTCTCATATGATGAAGAATGAGGAACTGGTGCAAAGCTTCAAGGAAACCTATCCCGACTACAACTACCCCAAGAGCATCAAACAAGGCAGAGACGTGCCACAAGTGAGCTCGGAGAAACTGCAGGGACTTGGTTGGAAATATAGGCCATTGAAAGAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801433.1
MENNLRVIVDVRDVSEAMKLVYERPNAKGRYICTSHMMKNEELVQSFKETYPDYNYPKSIKQGRDVPQVSSEKLQGLGWKYRPLKETLVDSIENCKGIGLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器