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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002583

染色体: Chr03 坐标: 41092814-41094075 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002583
名称SmilChr03G002583
描述uncharacterized SmilChr03G002583
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向41092814 - 41094075 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016741
GeneID131016741
locus_tag-
NCBI NameLOC131016741
原始查询SmilChr03G002583

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述argininosuccinate lyase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831095]; symbol=AT5G02580; hit=AT5G02580; species=arabidopsis; confidence=medium
产物argininosuccinate lyase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831095]; symbol=AT5G02580; hit=AT5G02580; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G02580 (AT5G02580)
argininosuccinate lyase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831095]
identity=63; qcov=0.893; evalue=5.74e-37; confidence=medium
RiceOs05g0462000
-
identity=61.5; qcov=0.883; evalue=1.25e-35; confidence=medium
GOGO:0032502 (developmental process)
KEGG-
PfamPF09713 (A_thal_3526)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016741

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801436.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057801436.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801436.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801436.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801436.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801436.1
103 aa
N
1
52
103
A_thal_3526
C
PF09713 A_thal_3526 14-65 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801436.1 Pfam PF09713 A_thal_3526 Domain 14 65 4.2e-28 98.1 Plant protein 1589 of unknown function (A_thal_3526)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945453.1
CACCTCTCCTCACTCCTCTTTCATCTACTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACTCTCTCATTTTTGTTCAGACAGTTTCCTGTTACTTCTTCATTATAATCTTATTCTTCACTATTAATATCTATAGCTTTTAGTGATCCTGATCGATCAATAAAGCACGTCTAAACTATTAATTTGATTTGCTTTATTAGCTGGGAAAAAAAAATGGGATCGGAGTCTCCTTCTGCTCAGTACATCCACATGGTGCAACACCTAATAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016741
ATGGGATCGGAGTCTCCTTCTGCTCAGTACATCCACATGGTGCAACACCTAATAGAAGAGTGCTTAGTATTTAACATGAGCAAAGAGGAATGCATGGAAGCTCTAGAAACGCATGCAAATATCAAGCCCGTTATTACTTCCACAGTGTGGAATGAGCTAGAGAAAGAGAACAAAGATTTTTTCGAGGCGTACGCTAAGAAGAGAGAGGGCAAAACATCGGAGAGCGAATCAAGCCAACGCAAGAGAATCCGCGATATCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801436.1
MGSESPSAQYIHMVQHLIEECLVFNMSKEECMEALETHANIKPVITSTVWNELEKENKDFFEAYAKKREGKTSESESSQRKRIRDIVSDSTRTNMNDNDNDKS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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