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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002596

染色体: Chr03 坐标: 41259969-41262756 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002596
名称SmilChr03G002596
描述uncharacterized SmilChr03G002596
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向41259969 - 41262756 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016756
GeneID131016756
locus_tag-
NCBI NameLOC131016756
原始查询SmilChr03G002596

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述BIP130; symbol=BIP130; hit=Os05g0113500; species=rice; confidence=low
产物BIP130; symbol=BIP130; hit=Os05g0113500; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT2G37480 (AT2G37480)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818325]
identity=46.4; qcov=0.357; evalue=5.25e-12; confidence=low
RiceOs05g0113500 (BIP130)
-
identity=36.2; qcov=0.634; evalue=1.35e-15; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016756

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801461.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057801461.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057801461.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801461.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801461.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:41261238 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B131,B69,C23,C38
Chr3:41261298 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B95,C81
Chr3:41261323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B140,B63,B83
Chr3:41261340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr3:41261483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr3:41262182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr3:41262199 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,C37
Chr3:41262339 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr3:41262462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945478.1
TACTACAATTTATACAAGACTCGCAGTCACACACACTCTCTCTCACACACACGCACATCAGAAGTTCTATCCATTTTCCGATCAATCCAATCAAGTTTCCCCTTAAGGTTTCGACGACAAGTTCAGATCAATTCCACATACTACTTCCCAGTTGAAATTCAGATCCAAGTTCGCGTTCTCTCAATCATAAGCATGCCGTAAATTCTTCGTGTTACTTTGATCGAACGCTCCGCACACAGTTGGATTGCGTGAAAGCATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016756
ATGGAAGGTTCTGTTCCTAGTGATACACTGGCTTCCCAAGAATCAAGCAGCAACAGTGAGCCTGTGACGACTCCTAGTATCCAAATTCAATACGGATCAGGAGATCTTTCTATGAATGATCTGAAAATGTGCTTGAATGAATTTATAAGTGTTGAAGACGTTGGAATATCAACTAGTGGCTTATCGGCTGGAAGCAATATCAAATGTGATTTTGTGGTGGAAGATGACTGCAACTACTCAAACAAATCGGGCGACAATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801461.1
MEGSVPSDTLASQESSSNSEPVTTPSIQIQYGSGDLSMNDLKMCLNEFISVEDVGISTSGLSAGSNIKCDFVVEDDCNYSNKSGDNLPESTSSATRSKLASAMKGSREKQGIPPKKLSVTWAPDVYDPIPTSVSHVPSSRNQYLRNNGRKYGKNKQKGGGKSSRGGKGKDKKQARKNGGTTSKFKSVHDDSVASFSEPEAGIIDFDVVGTDPFCGSSFLKESVQKLHFPVAEATR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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