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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002601`

染色体: Chr03 坐标: 41301382-41303904 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002601`
名称	SmilChr03G002601
描述	60S ribosomal protein L4
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	41301382 - 41303904 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016759`
GeneID	`131016759`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016759`
原始查询	`SmilChr03G002601`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L4
产物	60S ribosomal protein L4
Arabidopsis	`AT3G09630` (AT3G09630) Ribosomal protein L4/L1 family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820120] identity=85; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0796501` (OsRPL4) - identity=74.2; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00573 (Ribosomal_L4); PF14374 (Ribos_L4_asso_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016759

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057801465.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057801465.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801465.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801465.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801465.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:41301546`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B28,B46,D3
`Chr3:41301571`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr3:41301573`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B124,B49,B79
`Chr3:41301651`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:41301781`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:41301840`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B22,B64,C24,C4
`Chr3:41301855`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr3:41301999`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B135,B7,B91,D4
`Chr3:41302005`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B5,B57,B94
`Chr3:41302029`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B46,D3
`Chr3:41302041`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,B7
`Chr3:41302323`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B117,B20,C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801465.1

405 aa

202

405

Ribosomal_L4

Ribos_L4_asso_C

PF00573 Ribosomal_L4 27-267 aa PF14374 Ribos_L4_asso_C 281-352 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801465.1`	Pfam	`PF00573`	Ribosomal_L4	Family	27	267	9.5e-35	120.7	Ribosomal protein L4/L1 family
`XP_057801465.1`	Pfam	`PF14374`	Ribos_L4_asso_C	Domain	281	352	1.2e-28	99.6	60S ribosomal protein L4 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945482.1
GTATATAAATGTATAAATATTTTTCCTTTGCTCCATTCTCAACCCTAAATTCTCACTCCACCCAAAACCCTAAACTCAGAGCTTGAGGAAATGGCTGCTGCCGCCGCCCGCCCTCTCGTCACCGTGCAGTCGCTCGAGAGCGACATGGCAACCGACGCCAACTCCGTGCCTCTTCCTGATGTCATGAAGGCGGCGATCCGCCCCGACATCGTCACGTTCGTGCACGGCCAGATCTCCAAAAACTCCCGCCAACCCTACGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016759
ATGGCTGCTGCCGCCGCCCGCCCTCTCGTCACCGTGCAGTCGCTCGAGAGCGACATGGCAACCGACGCCAACTCCGTGCCTCTTCCTGATGTCATGAAGGCGGCGATCCGCCCCGACATCGTCACGTTCGTGCACGGCCAGATCTCCAAAAACTCCCGCCAACCCTACGCCGTCTCCAAGCGCGCCGGCCACCAGACCTCCGCCGAGTCGTGGGGAACCGGTCGTGCCGTATCACGTATCCCCCGTGTGCCCGGCGGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801465.1
MAAAAARPLVTVQSLESDMATDANSVPLPDVMKAAIRPDIVTFVHGQISKNSRQPYAVSKRAGHQTSAESWGTGRAVSRIPRVPGGGTHRAGQGAFGNMCRGGRMFAPTKIWRRWHRRVNVTQKRHAVVSAIAASAVPSLVLARGHKIEEVPELPLVVSDAAEAVEKTSAALKVLKQIGAHPDAEKAKDSQGIRAGKGKMRNRRYISRKGPLVVYGNEGAKLVKAFRNIPGVEVAHVSRLNLLKLAPGGHLGRFVIWTKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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