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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002607

染色体: Chr03 坐标: 41461111-41465505 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002607
名称SmilChr03G002607
描述interactor of constitutive active ROPs 2, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向41461111 - 41465505 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016765
GeneID131016765
locus_tag-
NCBI NameLOC131016765
原始查询SmilChr03G002607

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述interactor of constitutive active ROPs 2, chloroplastic
产物interactor of constitutive active ROPs 2%2C chloroplastic
ArabidopsisAT2G37080 (RIP2)
ROP interactive partner 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818284]
identity=49.3; qcov=1.04; evalue=4.21e-159; confidence=high
RiceOs05g0122600
-
identity=45.5; qcov=1.03; evalue=5.61e-133; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF27682 (ICR5_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016765

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 0.60000 XP_057801470.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057801470.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057801470.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801470.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801470.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:41461641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr3:41461671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,C19
Chr3:41461678 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr3:41461758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B117,B20,C1
Chr3:41461840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr3:41461928 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B28,B46,D3
Chr3:41462027 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B117,B20,C1
Chr3:41462178 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C6,C72
Chr3:41462184 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B63,B83
Chr3:41462324 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B63,B83
Chr3:41462343 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr3:41462399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801470.1
610 aa
N
1
305
610
ICR5_C
C
PF27682 ICR5_C 428-548 aa
XP_057801471.1
610 aa
N
1
305
610
ICR5_C
C
PF27682 ICR5_C 428-548 aa
XP_057801472.1
610 aa
N
1
305
610
ICR5_C
C
PF27682 ICR5_C 428-548 aa
XP_057801473.1
610 aa
N
1
305
610
ICR5_C
C
PF27682 ICR5_C 428-548 aa
XP_057801475.1
610 aa
N
1
305
610
ICR5_C
C
PF27682 ICR5_C 428-548 aa
XP_057801476.1
610 aa
N
1
305
610
ICR5_C
C
PF27682 ICR5_C 428-548 aa
XP_057801477.1
610 aa
N
1
305
610
ICR5_C
C
PF27682 ICR5_C 428-548 aa
XP_057801478.1
610 aa
N
1
305
610
ICR5_C
C
PF27682 ICR5_C 428-548 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801470.1 Pfam PF27682 ICR5_C Domain 428 548 1.5e-24 87.6 Interactor of constitutive active ROPs 5 C-terminal domain
XP_057801471.1 Pfam PF27682 ICR5_C Domain 428 548 1.5e-24 87.6 Interactor of constitutive active ROPs 5 C-terminal domain
XP_057801472.1 Pfam PF27682 ICR5_C Domain 428 548 1.5e-24 87.6 Interactor of constitutive active ROPs 5 C-terminal domain
XP_057801473.1 Pfam PF27682 ICR5_C Domain 428 548 1.5e-24 87.6 Interactor of constitutive active ROPs 5 C-terminal domain
XP_057801475.1 Pfam PF27682 ICR5_C Domain 428 548 1.5e-24 87.6 Interactor of constitutive active ROPs 5 C-terminal domain
XP_057801476.1 Pfam PF27682 ICR5_C Domain 428 548 1.5e-24 87.6 Interactor of constitutive active ROPs 5 C-terminal domain
XP_057801477.1 Pfam PF27682 ICR5_C Domain 428 548 1.5e-24 87.6 Interactor of constitutive active ROPs 5 C-terminal domain
XP_057801478.1 Pfam PF27682 ICR5_C Domain 428 548 1.5e-24 87.6 Interactor of constitutive active ROPs 5 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945489.1
ATTTACGTACTTGGAAAAATTAAAAACAAAAAATGGGAAGCACTTTCTCTCTCTAACAAAAACAAACAATGAGGGGAGAGAGAGAGGGACTTGGGAACAGCATCACGGCAGGCAGCAGCGATTGAACACATTGTTGCAGAGTCTTGAGTCAGTTGGGCCTTAGTTAGCTTCATCTTCTTCGCTGCTGAGATAATACAATATGCAGACCACTAAATCGAGACCTGGCTCTCTCGATGTCCCTCCAAAGCCTTCTCCTGCCA...
XM_057945487.1
TTACGTACTTGGAAAAATTAAAAACAAAAAATGGGAAGCACTTTCTCTCTCTAACAAAAACAAACAATGAGGGGAGAGAGAGAGGGACTTGGGAACAGCATCACGGCAGGCAGCAGCGATTGAACACATTGTACGAACCCAACTTTCTCTCTCTCGAGCTCTTCACTCATTACTATCTTTCATCTCCACACACTGTAGGGTTTTTCTCTCTTCTTCCTTTCACCATTTTTCTCGGTACTTGTGCTTCACCAGCAACGCTA...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131016765
ATGCAGACCACTAAATCGAGACCTGGCTCTCTCGATGTCCCTCCAAAGCCTTCTCCTGCCACGCCTCGCACAGCCCGGAAGCTCAAAACTCCGGGATCAGATCCCGATTCATTTTCATCACCAAAGAGCAAAACACCTAAAGATAAAAGTCCTAAAGTTGTTGGTCGGTCTCCACGAAGCCCAGCAATAGAGAAAAAGAGAGCACCGAGCAGAGTGTCTGAATTGGAGCCTCAGCTGGCTCAGCTCCAGGACGAGATGAA...
LOC131016765
ATGCAGACCACTAAATCGAGACCTGGCTCTCTCGATGTCCCTCCAAAGCCTTCTCCTGCCACGCCTCGCACAGCCCGGAAGCTCAAAACTCCGGGATCAGATCCCGATTCATTTTCATCACCAAAGAGCAAAACACCTAAAGATAAAAGTCCTAAAGTTGTTGGTCGGTCTCCACGAAGCCCAGCAATAGAGAAAAAGAGAGCACCGAGCAGAGTGTCTGAATTGGAGCCTCAGCTGGCTCAGCTCCAGGACGAGATGAA...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057801470.1
MQTTKSRPGSLDVPPKPSPATPRTARKLKTPGSDPDSFSSPKSKTPKDKSPKVVGRSPRSPAIEKKRAPSRVSELEPQLAQLQDEMKKAKEQLSSSESWKRKAQQEAEEAKKQLAAMSAKLEETENQLKELSDSEEARLQELRKISQDRDRVWQSELEAVQKQHSMDSAALASALNEMQKLKLQLDRVTESEASQARHAESAHAEIQSLRIELTETLELVEKLKNQLNDCRESEAQAMEEVGKAQMLLEVVKTTEEALRL...
XP_057801471.1
MQTTKSRPGSLDVPPKPSPATPRTARKLKTPGSDPDSFSSPKSKTPKDKSPKVVGRSPRSPAIEKKRAPSRVSELEPQLAQLQDEMKKAKEQLSSSESWKRKAQQEAEEAKKQLAAMSAKLEETENQLKELSDSEEARLQELRKISQDRDRVWQSELEAVQKQHSMDSAALASALNEMQKLKLQLDRVTESEASQARHAESAHAEIQSLRIELTETLELVEKLKNQLNDCRESEAQAMEEVGKAQMLLEVVKTTEEALRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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