当前解析结果
SmilChr03G002630| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002630 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002630 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G002630 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 41755385 - 41756770 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018819 |
|---|---|
| GeneID | 131018819 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018819 |
| 原始查询 | SmilChr03G002630 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0315200- identity=38.1; qcov=0.249; evalue=2.68e-15; confidence=weak |
| GO | GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018819 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057803508.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057803508.1 |
| 3 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.40000 | XP_057803508.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057803508.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803508.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:41755387 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B35,B95,C81 |
Chr3:41755389 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B38,B39,B91,D7 |
Chr3:41755402 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr3:41755403 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr3:41755411 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr3:41755432 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B137,C19 |
Chr3:41755450 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A15,B11,B89,C25 |
Chr3:41755500 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr3:41755504 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C25,C48 |
Chr3:41755513 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B127 |
Chr3:41755521 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C37 |
Chr3:41755531 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B22,B48,B64,C24,C25 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803508.1PF08284
RVP_2 214-341 aa
PF13975
gag-asp_proteas 236-325 aa
PF13650
Asp_protease_2 237-322 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 244-342 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803508.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 214 | 341 | 5.3e-28 | 98.2 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057803508.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 236 | 325 | 3.3e-08 | 34.7 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057803508.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 237 | 322 | 1.2e-07 | 33.1 | Aspartyl protease |
XP_057803508.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 244 | 342 | 3.1e-10 | 41.2 | PEG10/RTL1 protease domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。