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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002636`

染色体: Chr03 坐标: 41947827-41948911 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002636`
名称	SmilChr03G002636
描述	E3 ubiquitin-protein ligase ATL4-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	41947827 - 41948911 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015827`
GeneID	`131015827`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015827`
原始查询	`SmilChr03G002636`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase ATL4-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase ATL4-like
Arabidopsis	`AT3G60220` (ATL4) TOXICOS EN LEVADURA 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825192] identity=49.6; qcov=0.898; evalue=2.39e-69; confidence=high
Rice	`Os04g0586700` - identity=38.8; qcov=0.895; evalue=5.28e-31; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF12861 (zf-ANAPC11); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015827

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057800247.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057800247.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800247.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800247.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800247.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:41948132`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B74,D11
`Chr3:41948194`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr3:41948243`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B46,B94,C26,C59,D6
`Chr3:41948280`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B23,C23,C53
`Chr3:41948502`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,B30,C78
`Chr3:41948534`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B30,C78,D9
`Chr3:41948537`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:41948653`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B74,D11
`Chr3:41948738`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,C34,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800247.1

285 aa

142

285

zf-RING_11

zf-RING_2

zf-C3HC4

zf-C3HC4_2

zf-ANAPC11

zf-rbx1

PF17123 zf-RING_11 94-123 aa PF13639 zf-RING_2 94-137 aa PF00097 zf-C3HC4 95-136 aa PF13923 zf-C3HC4_2 95-136 aa PF12861 zf-ANAPC11 101-139 aa PF12678 zf-rbx1 110-137 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800247.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	94	123	7.9e-10	39.0	RING-like zinc finger
`XP_057800247.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	94	137	1.5e-14	54.6	Ring finger domain
`XP_057800247.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	95	136	3.4e-07	30.7	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057800247.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	95	136	2.4e-06	27.9	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057800247.1`	Pfam	`PF12861`	zf-ANAPC11	Domain	101	139	2.3e-06	28.2	Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger
`XP_057800247.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	110	137	1.6e-09	38.6	RING-H2 zinc finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944264.1
ACAAATACCCCACTCCAACTCCAACTATACTTACTTTTAGTGGGAGAGTGAAAATGGCTTAATTCAATTCTGCGCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACAATTCCTCCCACTATGTCTGTGTCCATGTCTACATTCACACCCCCGCCGCTATCTCCATCTGCTTCCGCCTCCTCCTCCTCCTCCATTATGATAGTCATCATCATCATCGCTTCCGCCGTCATCATCTCCGCCTCCATCTACCTCCTTCTCCGACTAGTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015827
ATGTCTGTGTCCATGTCTACATTCACACCCCCGCCGCTATCTCCATCTGCTTCCGCCTCCTCCTCCTCCTCCATTATGATAGTCATCATCATCATCGCTTCCGCCGTCATCATCTCCGCCTCCATCTACCTCCTTCTCCGACTAGTCTCGAAGCGCTTCCGCCGCTCCTTCTCCACCGCCGACGACGTGGTCTCCTCCAACCACCGCGTCGCTCCTACCGATCTCCTCAACTCCCTACCGCTCTTCACATTCCGCTCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800247.1
MSVSMSTFTPPPLSPSASASSSSSIMIVIIIIASAVIISASIYLLLRLVSKRFRRSFSTADDVVSSNHRVAPTDLLNSLPLFTFRSVANNGGGDCAVCLSKFEAHDQLRLLPVCRHAFHAACIDKWIASNQTCPLCRSTVLPSALDKTLSAENSNGGSFRIELGSISLRRGGSAGARRMYSLGSYDYTVDDHVYEVPVGCTTHHRREYSDSKEASVAEEGRRNWLTEYVERLQASMSSRTMSFRSSGRFFASSSRRSDAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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