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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002637

染色体: Chr03 坐标: 41954121-41957518 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002637
名称SmilChr03G002637
描述protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 4, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向41954121 - 41957518 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015828
GeneID131015828
locus_tag-
NCBI NameLOC131015828
原始查询SmilChr03G002637

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 4, chloroplastic
产物protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 4%2C chloroplastic
ArabidopsisAT2G44640 (AT2G44640)
TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819072]
identity=56.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0251000
-
identity=36.6; qcov=1.01; evalue=3.29e-91; confidence=medium
GOGO:0009941 (chloroplast envelope); GO:0034196 (acylglycerol transport); GO:0070300 (phosphatidic acid binding); GO:1990052 (ER to chloroplast lipid transport)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015828

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057800248.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057800248.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800248.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800248.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800248.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:41954435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,C3,C40
Chr3:41954541 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr3:41954724 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr3:41954780 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B46,B94,C26,C59,D6
Chr3:41954939 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:41955511 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C32
Chr3:41955704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B78,C53,D2
Chr3:41956480 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B53
Chr3:41956480 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B53
Chr3:41956482 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr3:41957083 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B117,B20,C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944265.1
AATATAACGATGGAGAAAATAATCGGGGTGAAAGTGCAAATTAGGAAAACTTTAAACCCAAAGCAAACCCCTCTTCTCTCTGTCTCTCTCTTCAACAGAAATTGTCTCATATCAGTATTAGCAGAGTGGACTAGATAAGAAACCTCACCAAACCCTCTCTCCATTCACAATCACATTAACCTAGTTTAGAGAAATGGCGAACTTAAGAACAGCAATGGACGCTACCTTCTGGGACCTCAACATTTCAACTCCGCAATCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015828
ATGGCGAACTTAAGAACAGCAATGGACGCTACCTTCTGGGACCTCAACATTTCAACTCCGCAATCCATTGATGGCGTATGCAGGGCTATTCCAGGGGATCCCATTCCCCTTGACGGTGCAAGGGCCAGCAGGGCCCTCAGGTTTCAGCAAATTTCTCTCTTGGGAAACGGCTTTCCCTTGGGCATCATTCCCTCCTTTTCTCCTTCCATTAATCACAAGGAATTGGGCTCTCTCGCCTTCCAGTCCCTTATTGGCCGCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800248.1
MANLRTAMDATFWDLNISTPQSIDGVCRAIPGDPIPLDGARASRALRFQQISLLGNGFPLGIIPSFSPSINHKELGSLAFQSLIGRAVIGDWWLGIIGQFRPKKLISSIKAEVSAAEEWELPLLKDVGKHFVDKSLYALGLCSQISLTSSSSVLLSTEKHGERKNRRTKAMLFHKLPDHDITLEAAWPELFIDHKGKYWEVPESISLDCLSLVTESGLRYRFGLHKNSGSPQAVDSTNTESKSPVALLPGLCAKAAFSYE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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