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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002643

染色体: Chr03 坐标: 42029806-42034925 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002643
名称SmilChr03G002643
描述uncharacterized CRM domain-containing protein At3g25440, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向42029806 - 42034925 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015834
GeneID131015834
locus_tag-
NCBI NameLOC131015834
原始查询SmilChr03G002643

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0492900; species=rice; confidence=high
产物hit=Os04g0492900; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT3G25440 (LOH1)
RNA-binding CRS1 / YhbY (CRM) domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822128]
identity=52.6; qcov=1.03; evalue=6.59e-140; confidence=high
RiceOs04g0492900
-
identity=53.8; qcov=0.989; evalue=5.89e-144; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding)
KEGG-
PfamPF01985 (CRS1_YhbY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015834

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057800253.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057800253.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800253.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800253.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800253.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:42030382 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B115,B135
Chr3:42030429 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr3:42030485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B136,B52,B66,C41
Chr3:42030516 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B127,B39,C74
Chr3:42030535 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr3:42030546 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B133,B26,B70,C30,C82
Chr3:42030575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr3:42030593 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,C19
Chr3:42030613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B115,B135,D7
Chr3:42030699 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B94
Chr3:42030700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,C14
Chr3:42030720 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800253.1
444 aa
N
1
222
444
CRS1_YhbY
C
PF01985 CRS1_YhbY 159-243 aa
XP_057800254.1
444 aa
N
1
222
444
CRS1_YhbY
C
PF01985 CRS1_YhbY 159-243 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800253.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 159 243 7.5e-17 62.2 CRS1 / YhbY (CRM) domain
XP_057800254.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 159 243 7.5e-17 62.2 CRS1 / YhbY (CRM) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944270.1
AAACCTAAATCATGCGGCGCTTTACTGTTGTCTCTCTTCTCATTGCGTGGCAGCGGTGTCTCTCACTCTCTCTCGTCTGTGCCGCCGCCCTCGCCTGCTCTCGATGCGCCGCGGCCCTCGACAAGTCGCCCCGCCTCCTTCGTCCAGCGTCTGCAGCAGTAGCCTCTGTCCAACGGAGGCAAAGGCAAAGCAGAGCTAACTTCGAAAGCAAAGAAACACAAAAATGGCGGTGAGAAATTTGGCATCTAAATTCCCATTCC...
XM_057944271.1
CAGAGGCAAAGGCAAAGCAGAGCTAACTTCGAAAGCAAAGAAACACAAAAATGGCGGTGAGAAATTTGGCATCTAAATTCCCATTCCTCAAACGTCTCCGCCCAAATTCCACGCCCTTGTCGCCTCTCTTCTCCCATTCTCAAATCATATTTCAAAGCTCGAGGATTGTTAGCAGAAGCATACCTCTTGCTGCTGGGAATCGTGTGATTGTGGGGCAAATGTGTAACTTTGGCGGGTTCCATTCGGGTCGGGTTCTGAGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131015834
ATGGCGGTGAGAAATTTGGCATCTAAATTCCCATTCCTCAAACGTCTCCGCCCAAATTCCACGCCCTTGTCGCCTCTCTTCTCCCATTCTCAAATCATATTTCAAAGCTCGAGGATTGTTAGCAGAAGCATACCTCTTGCTGCTGGGAATCGTGTGATTGTGGGGCAAATGTGTAACTTTGGCGGGTTCCATTCGGGTCGGGTTCTGAGGAATGCGGAGCCTGAGGTGGGGCAAAAAGGTGGGGCGGATGATGGTCGGGT...
LOC131015834
ATGGCGGTGAGAAATTTGGCATCTAAATTCCCATTCCTCAAACGTCTCCGCCCAAATTCCACGCCCTTGTCGCCTCTCTTCTCCCATTCTCAAATCATATTTCAAAGCTCGAGGATTGTTAGCAGAAGCATACCTCTTGCTGCTGGGAATCGTGTGATTGTGGGGCAAATGTGTAACTTTGGCGGGTTCCATTCGGGTCGGGTTCTGAGGAATGCGGAGCCTGAGGTGGGGCAAAAAGGTGGGGCGGATGATGGTCGGGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057800253.1
MAVRNLASKFPFLKRLRPNSTPLSPLFSHSQIIFQSSRIVSRSIPLAAGNRVIVGQMCNFGGFHSGRVLRNAEPEVGQKGGADDGRVTKRKKLKGKRAVVRWLKHFRYKKKKSYERMTAEEKILYKLMKARRKEERLLEALRKIEPKETSDTMHDPEILTPEEHFYFLKMGEKSKNYVPVGRRGLYQGVILNMHLHWKKHQTLKVIVKTFSPEEVKEIASELARLSGGIVLDIQEDNTIIMYRGKNYCQPPTEIMSPRET...
XP_057800254.1
MAVRNLASKFPFLKRLRPNSTPLSPLFSHSQIIFQSSRIVSRSIPLAAGNRVIVGQMCNFGGFHSGRVLRNAEPEVGQKGGADDGRVTKRKKLKGKRAVVRWLKHFRYKKKKSYERMTAEEKILYKLMKARRKEERLLEALRKIEPKETSDTMHDPEILTPEEHFYFLKMGEKSKNYVPVGRRGLYQGVILNMHLHWKKHQTLKVIVKTFSPEEVKEIASELARLSGGIVLDIQEDNTIIMYRGKNYCQPPTEIMSPRET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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