当前解析结果
SmilChr03G002647| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002647 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002647 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G002647 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 42114352 - 42115532 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018825 |
|---|---|
| GeneID | 131018825 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018825 |
| 原始查询 | SmilChr03G002647 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=34.1; qcov=0.416; evalue=2.59e-16; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018825 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057803512.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057803512.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803512.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803512.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057803512.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:42114469 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 8 | A4,B131,B2,B69,B71,C11,C45,C84 |
Chr3:42114476 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B130,B37,B7,C31 |
Chr3:42114490 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr3:42114698 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B102,D7 |
Chr3:42114727 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr3:42114735 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B69,C71,C84 |
Chr3:42114742 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B69 |
Chr3:42114742 |
A |
AC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr3:42114744 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B69 |
Chr3:42114744 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr3:42114764 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C18 |
Chr3:42114768 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,B69 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。