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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002647

染色体: Chr03 坐标: 42114352-42115532 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002647
名称SmilChr03G002647
描述uncharacterized SmilChr03G002647
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向42114352 - 42115532 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018825
GeneID131018825
locus_tag-
NCBI NameLOC131018825
原始查询SmilChr03G002647

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=34.1; qcov=0.416; evalue=2.59e-16; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018825

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803512.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057803512.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803512.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803512.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803512.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:42114469 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 8 A4,B131,B2,B69,B71,C11,C45,C84
Chr3:42114476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B37,B7,C31
Chr3:42114490 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr3:42114698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,D7
Chr3:42114727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr3:42114735 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,C71,C84
Chr3:42114742 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B69
Chr3:42114742 A AC 1bp_insertion CDS_variant 1 B69
Chr3:42114744 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B69
Chr3:42114744 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B69
Chr3:42114764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr3:42114768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947529.1
ATGGGGATTAATCAAAGCAAAAACACTGTTTGGAGGTGGGTAAACAAGGGGCCGATCAGAGCGCATTCTAGTGCTATAAAGCCCGATCTCACAGCCCCAAACAAGTTGTTGCGACTGCGATTTTCACTAGAGTCATTGGAATTCGATCGCATTATGTTGGCTTTGAAGTTTAAGGGTATGGACAACACCATTCACATAGATGAAAAGTGGTTCTACATCACAAATGCAGCATATAGATTTTACCTAACACCGGCAGAGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018825
ATGGGGATTAATCAAAGCAAAAACACTGTTTGGAGGTGGGTAAACAAGGGGCCGATCAGAGCGCATTCTAGTGCTATAAAGCCCGATCTCACAGCCCCAAACAAGTTGTTGCGACTGCGATTTTCACTAGAGTCATTGGAATTCGATCGCATTATGTTGGCTTTGAAGTTTAAGGGTATGGACAACACCATTCACATAGATGAAAAGTGGTTCTACATCACAAATGCAGCATATAGATTTTACCTAACACCGGCAGAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803512.1
MGINQSKNTVWRWVNKGPIRAHSSAIKPDLTAPNKLLRLRFSLESLEFDRIMLALKFKGMDNTIHIDEKWFYITNAAYRFYLTPAEGDTHCTCKNSGECLFDGKIGIFPLREQVPAKRNSKNRPVGTMETKPIQSMTKEVMKGCFINKDSDPNFRAAVTAHGFDIRIVQQPPNSSDTNVNDLGWFRAIQSIQTEHACYNCDDLVKAVEKSYAQLSPHTLNKVFLSLQSCMVEIMKQRGHNAYKIPHMGKDALMRENQLPR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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