Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002692`

染色体: Chr03 坐标: 42868532-42869694 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002692`
名称	SmilChr03G002692
描述	AT-hook motif nuclear-localized protein 23-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	42868532 - 42869694 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015878`
GeneID	`131015878`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015878`
原始查询	`SmilChr03G002692`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	AT-hook motif nuclear-localized protein 23-like
产物	AT-hook motif nuclear-localized protein 23-like
Arabidopsis	`AT4G17800` (AT4G17800) Putative AT-hook DNA-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827502] identity=59.4; qcov=1.12; evalue=2.31e-80; confidence=high
Rice	`Os04g0590200` - identity=58.7; qcov=1.21; evalue=2.4e-81; confidence=high
GO	GO:0003680 (minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	-
Pfam	PF03479 (PCC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015878

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057800306.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800306.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800306.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800306.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057800306.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:42868721`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C34
`Chr3:42868766`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr3:42869092`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C46
`Chr3:42869101`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C79
`Chr3:42869278`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr3:42869395`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B93,C19,C60,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800306.1

252 aa

126

252

PCC

PF03479 PCC 78-196 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800306.1`	Pfam	`PF03479`	PCC	Domain	78	196	3.8e-31	108.4	Plants and Prokaryotes Conserved (PCC) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944323.1
TAAATTTGTTCCTCCCTCTGTCTCTCTCTCTCTAAACATCTTCCTCAACCTTTCCTTTCTCCCCACTTGATTCTTCTTGTTTTCTATTCGCTCTAGGTTTGAATATATTGCGCCTCGCTTTCCTACCCTCACTTATAATACATTTCTTTCATTTTTTATACTGTTTTTGCTGTTCCAATATTATTATTTTTTTTCTTGGTTTCCTGTTTCCTTCTCTGCTCTAGTGTATGTAGTATGGCTGGTTTAGATTTAAGCTCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015878
ATGGCTGGTTTAGATTTAAGCTCAGCTTCCCACTTCGTCTCTCCGCTCCACCGCCCCAACCTCCACCTCCACCGCCCCCCTGAATCCGACGATATCGACTCCAACCCCAAGCAGTTCTCCGGCGACAACTCCGACCTCGCCACCTCCGCCGGCGAGGCGGCGGCCCGCCGCCAGCGCGGCCGCCCCGCCGGCTCGAAGAACAAGCCGAAGCCGCCCGTGATCATCACGCGCGAGAGCGCCAACACCCTCCGCGCCCACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800306.1
MAGLDLSSASHFVSPLHRPNLHLHRPPESDDIDSNPKQFSGDNSDLATSAGEAAARRQRGRPAGSKNKPKPPVIITRESANTLRAHILEVASGCDVFEAVAAYATRRQRGICILSGTGTVTNVSLRQPASAGSVASLHGRFEILSLSGSFLPPPAPPGATSLTIYLAGGQGQVVGGNVVGALMASGPVIIIAASFTNVAYERLPLEEEEEPGVQMQPPEGGIQFPDPSLGLPFFNGQLPVDGAWAAARPPPY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器