Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002694`

染色体: Chr03 坐标: 42900243-42933454 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002694`
名称	SmilChr03G002694
描述	uncharacterized SmilChr03G002694
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	42900243 - 42933454 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015879`
GeneID	`131015879`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015879`
原始查询	`SmilChr03G002694`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OsPFPA1; symbol=OsPFPA1; hit=Os02g0714200; species=rice; confidence=low
产物	OsPFPA1; symbol=OsPFPA1; hit=Os02g0714200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G20950` (AT1G20950) Phosphofructokinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838689] identity=46.9; qcov=0.353; evalue=4.2e-09; confidence=low
Rice	`Os02g0714200` (OsPFPA1) - identity=51; qcov=0.353; evalue=2e-10; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015879

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057800307.1`
2	Chromosome	染色体	0.60000	`XP_057800307.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057800323.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057800307.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800307.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:42915854`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B56,B82,B96,C65
`Chr3:42915865`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B47
`Chr3:42915865`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B47
`Chr3:42915866`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	9	B137,B56,B61,B86,C42,C64,C65,C66,C67
`Chr3:42915870`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	C64,C66
`Chr3:42915870`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	C64,C66
`Chr3:42915873`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B80,B97,C31,C42
`Chr3:42915878`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr3:42915880`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B47
`Chr3:42915885`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,C67
`Chr3:42915893`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7
`Chr3:42915903`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

28 records

下载 cDNA FASTA

XR_009098713.1
GTCAACATAATAATTGAGGCAAAAAGCGAACCAAAAAAAGAATGAGAAGAAAAAAAAAAAAAGGAAGAAAAAATAAATGAAGTGTGAAGTCCATTTGTTAGGTATAGCTTCGAAGTTCTGCAACAAAAAACCATCCAAATTCATTGACAAATCCATCTGTGTGTGTAATCACCAAAGAGATGTGCTCCCCGGCAATTAAGGGCTCAATGAATATGAACTCATGGCGTAATTGCAATTTTCAGAAGCAGGACGAAGCTGTT...

XR_009098712.1
TCAACATAATAATTGAGGCAAAAAGCGAACCAAAAAAAGAATGAGAAGAAAAAAAAAAAAAGGAAGAAAAAATAAATGAAGTGTGAAGTCCATTTGTTAGGTATAGCTTCGAAGTTCTGCAACAAAAAACCATCCAAATTCATTGACAAATCCATCTGTGTGTGTAATCACCAAAGAGATGTGCTCCCCGGCAATTAAGGGCTCAATGAATATGAACTCATGGCGTAATTGCAATTTTCAGAAGCAGGACGAAGCTGTTC...

CDS

23 records

下载 CDS FASTA

LOC131015879
ATGGCTAATCTCAATACCTACAAGCGCCGACGATGCCTATTAGTCACAGACGAAGAGGACGAGGCCCCACCTAGCCCTCAGGCCTCTCCTAGCCGCCCCCCTCGCCCTCCCACGCCACCGAAGGATATCCGCCATGTCTATAATGCCCCTTTCGCCATATATGAAGATTGGGAGGGCACTCGGTGGACGGCGTTAAAAGGGAAGCAAGTCACCCAACCTCGCTGTCTTGATTGGCCACTGCTCAGAAGGTTGAAGCTTGA...

Protein

23 records

下载 Protein FASTA

XP_057800307.1
MANLNTYKRRRCLLVTDEEDEAPPSPQASPSRPPRPPTPPKDIRHVYNAPFAIYEDWEGTRWTALKGKQVTQPRCLDWPLLRRLKLDKAIETHLKNMGLYKFSQTTPPGLLPLHLEFLCTLNMTADKSELHCRMLNRPCVVTYRIMNEVFGFHPKRLKGIPDTWVAANAWKELTGLPTWTGQGAPSNQLIDSDIGVLHKFLSFCVVGKEQANKVNASEAYMLWCAKRKKKIDATTIIWNQLHTMARHGGFKPSLSPISTA...

XP_057800310.1
MANLNTYKRRRCLLVTDEEDEAPPSPQASPSRPPRPPTPPKDIRHVYNAPFAIYEDWEGTRWTALKGKQVTQPRCLDWPLLRRLKLDKAIETHLKNMGLYKFSQTTPPGLLPLHLEFLCTLNMTADKSELHCRMLNRPCVVTYRIMNEVFGFHPKRLKGIPDTWVAANAWKELTGLPTWTGQGAPSNQLIDSDIGVLHKFLSFCVVGKEQANKVNASEAYMLWCAKRKKKIDATTIIWNQLHTMARHGGFKPSLSPISTA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器