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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002712`

染色体: Chr03 坐标: 43076481-43081488 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002712`
名称	SmilChr03G002712
描述	uncharacterized SmilChr03G002712
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	43076481 - 43081488 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015887`
GeneID	`131015887`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015887`
原始查询	`SmilChr03G002712`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os10g0574500; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os10g0574500; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G27740` (EMB2775) ATPase family associated with various cellular activities (AAA) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832836] identity=29.2; qcov=0.522; evalue=7.13e-42; confidence=low
Rice	`Os10g0574500` - identity=44.7; qcov=0.475; evalue=6.15e-95; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003689 (DNA clamp loader activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005663 (DNA replication factor C complex); GO:0006261 (DNA-templated DNA replication); GO:0006281 (DNA repair)
KEGG	smil03030 (DNA replication - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03410 (Base excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03430 (Mismatch repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF21960 (RCF1-5-like_lid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015887

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057800345.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057800345.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800345.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800345.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800345.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:43077669`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr3:43077860`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,C26,C55
`Chr3:43078069`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B56,B96,C65
`Chr3:43078425`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B48,B58
`Chr3:43078435`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B48,B58
`Chr3:43078435`	`G`	`GC`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B48,B58
`Chr3:43078473`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B48,B49
`Chr3:43078480`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B48,B49
`Chr3:43078686`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	frameshift_variant	43	A11,A22,B1,B10,B110,B113,B118,B121,B122,B13,B131,B138,B15,B25,B36,B37,B40,B5,B53,B6,B68,B76,B81,B82,B83,B95,C12,C16,C23,C24,C25,C34,C35,C40,C41,C48,C54,C64,C66,C7,C73,C76,D7
`Chr3:43078688`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	44	A11,A22,B1,B10,B110,B113,B118,B121,B122,B13,B131,B138,B15,B25,B36,B37,B40,B5,B53,B6,B61,B68,B76,B81,B82,B83,B95,C12,C16,C23,C24,C25,C34,C35,C40,C41,C48,C54,C64,C66,C7,C73,C76,C85
`Chr3:43078765`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,C17
`Chr3:43078789`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	36	A11,A18,A20,A22,A7,B103,B113,B121,B134,B135,B138,B140,B15,B25,B36,B48,B5,B62,B8,C25,C31,C34,C48,C52,C54,C60,C67,C72,C73,C76,C79,C80,C84,C85,D10,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800345.1

739 aa

370

739

RCF1-5-like_lid

PF21960 RCF1-5-like_lid 557-596 aa

XP_057800346.1

738 aa

369

738

RCF1-5-like_lid

PF21960 RCF1-5-like_lid 557-596 aa

XP_057800347.1

734 aa

367

734

RCF1-5-like_lid

PF21960 RCF1-5-like_lid 557-596 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800345.1`	Pfam	`PF21960`	RCF1-5-like_lid	Domain	557	596	4.8e-07	30.3	RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain
`XP_057800346.1`	Pfam	`PF21960`	RCF1-5-like_lid	Domain	557	596	4.9e-07	30.3	RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain
`XP_057800347.1`	Pfam	`PF21960`	RCF1-5-like_lid	Domain	557	596	4.8e-07	30.4	RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944364.1
ATGTCTGTGTCTACAGCAGCAAAAGAAGCAACACTTCCCCTCACACACCATAATACAAGATCAACTTTTTTCTTAAATCTTACTTTCTCGATGTCGATCCTAATTTCAAAACAAGCTAGCCCGCGCTCACCATCCCACTTGAAGCTACCTTCGTCGAGCCAGCTGGTCAGGTCCGCTCACTCGATTGTGTCGCCGGTGGGTACCTGGTCCAAGAAACTCGGTGAGTATGTGAAAGGAGATAAAAGGGATTCAAGCCTAAC...

XM_057944363.1
ATGTCTGTGTCTACAGCAGCAAAAGAAGCAACACTTCCCCTCACACACCATAATACAAGATCAACTTTTTTCTTAAATCTTACTTTCTCGATGTCGATCCTAATTTCAAAACAAGCTAGCCCGCGCTCACCATCCCACTTGAAGCTACCTTCGTCGAGCCAGCTGGTCAGGTCCGCTCACTCGATTGTGTCGCCGGTGGGTACCTGGTCCAAGAAACTCGGTGAGTATGTGAAAGGAGATAAAAGGGATTCAAGCCTAAC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131015887
ATGTCTGTGTCTACAGCAGCAAAAGAAGCAACACTTCCCCTCACACACCATAATACAAGATCAACTTTTTTCTTAAATCTTACTTTCTCGATGTCGATCCTAATTTCAAAACAAGCTAGCCCGCGCTCACCATCCCACTTGAAGCTACCTTCGTCGAGCCAGCTGGTCAGGTCCGCTCACTCGATTGTGTCGCCGGTGGGTACCTGGTCCAAGAAACTCGGTGAGTATGTGAAAGGAGATAAAAGGGATTCAAGCCTAAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057800345.1
MSVSTAAKEATLPLTHHNTRSTFFLNLTFSMSILISKQASPRSPSHLKLPSSSQLVRSAHSIVSPVGTWSKKLGEYVKGDKRDSSLTQESLQEFNKRNALIEARYNSSSPYYKGLTDFSLDINREKPSGFNPVRDRNAVKFISPYYKGLTDFSLVINKEKFSESSPGRESQSASSISSGSKSSLSVKVHEWSSSWFSLKKHKRGNSSSSFSSNKSSHDGCAEKTTENAAAATKVKAKRERKNSESGREIVTLLGMKSEDT...

XP_057800346.1
MSVSTAAKEATLPLTHHNTRSTFFLNLTFSMSILISKQASPRSPSHLKLPSSSQLVRSAHSIVSPVGTWSKKLGEYVKGDKRDSSLTQESLQEFNKRNALIEARYNSSSPYYKGLTDFSLDINREKPSGFNPVRDRNAVKFISPYYKGLTDFSLVINKEKFSESSPGRESQSASSISSGSKSSLSVKVHEWSSSWFSLKKHKRGNSSSSFSSNKSSHDGCAEKTTENAAAATKVKAKRERKNSESGREIVTLLGMKSEDT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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