Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002735`

染色体: Chr03 坐标: 43486186-43490448 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002735`
名称	SmilChr03G002735
描述	uncharacterized SmilChr03G002735
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	43486186 - 43490448 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015912`
GeneID	`131015912`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015912`
原始查询	`SmilChr03G002735`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	elongation factor 1-delta, putative (DUF936) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817750]; symbol=AT2G31920; hit=AT2G31920; species=arabidopsis; confidence=low
产物	elongation factor 1-delta, putative (DUF936) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817750]; symbol=AT2G31920; hit=AT2G31920; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G31920` (AT2G31920) elongation factor 1-delta, putative (DUF936) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817750] identity=34.1; qcov=1.11; evalue=7.39e-92; confidence=low
Rice	`Os03g0181800` - identity=29.4; qcov=0.702; evalue=1.1e-40; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF06075 (CORD_N); PF21647 (CORD_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015912

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057800385.1`
2	Nucleus membrane	核膜	0.40000	`XP_057800385.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800385.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800385.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800385.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:43486677`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B47,B50,B60
`Chr3:43487633`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr3:43487651`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B5,B94
`Chr3:43488687`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr3:43488939`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B73,C78
`Chr3:43489463`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,B9
`Chr3:43489480`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B73,C28,C38
`Chr3:43489596`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B13
`Chr3:43489707`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B47,B50,B60
`Chr3:43489717`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B58,B78,C21,C31
`Chr3:43489794`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B135
`Chr3:43489860`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800385.1

573 aa

286

573

CORD_N

CORD_C

PF06075 CORD_N 4-119 aa PF21647 CORD_C 261-571 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800385.1`	Pfam	`PF06075`	CORD_N	Domain	4	119	5.5e-43	146.3	CORD, N-terminal domain
`XP_057800385.1`	Pfam	`PF21647`	CORD_C	Domain	261	571	2.4e-72	245.0	CORD, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944402.1
GGGAGAGAAAAATCAGAAGAAAAAACAAAAATTAAAGGTGTATTTGATTGGACGAAGTCCCACCAACCAGAATGGGGGAAGTAATAGATATCATCATCACCATTAAGAAAGTATTCAGAGTTAGAGCAGCAGCAGTAGGCATGTAGCTTTCAAGATCTTGTATGCATTCGCTTGCTCTGTGGGATATATTTGTTGTTTTACTGAGTTCGGATCACAAACCTCGTCACCTGCGCCCCCACCCCACTCCTAGCCCACATCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015912
ATGGTTTCGCTAAGTCCCGGCACACTTCAAAAACTCTTGCAGAATGTTGGTGATAAAGAATTCAGGGTCGCCGGTGAACACCGTTCCGCTCTTCTCCAGGTTATTAGTATTGTACCCTCTTTAGAAGATGATCCATGGAAGAGCAGGGGTTACTATCTGAGGGTTTCAGATTCAGTGCATTCGGCCTATGTGTCAGTATCCGATGAAGATGTGGAGTTGATACTGAGTGACATGGTCCAGCTGGGGCAGTTCATCTACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800385.1
MVSLSPGTLQKLLQNVGDKEFRVAGEHRSALLQVISIVPSLEDDPWKSRGYYLRVSDSVHSAYVSVSDEDVELILSDMVQLGQFIYVTWLDYGSPVPVLRGIKPITKRRPCVGDPKDLISSDFLNAKKVETRTKSKGKVKKVVGSEEGSLRRLSFGNGKVGGGMESRRMSLDSARRGWDSGVQNKNGGKGSSKSKPKDTSSPSHSVIAKKALPHESPKRLDFSPLKSKNVIVPPNLVIKPVKSTKLSKDTSFPVDFNKVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器