Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002742`

染色体: Chr03 坐标: 43580843-43585703 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002742`
名称	SmilChr03G002742
描述	chromo domain protein LHP1-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	43580843 - 43585703 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015919`
GeneID	`131015919`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015919`
原始查询	`SmilChr03G002742`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	chromo domain protein LHP1-like
产物	chromo domain protein LHP1-like
Arabidopsis	`AT5G17690` (TFL2) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831635] identity=39.4; qcov=0.86; evalue=3.96e-63; confidence=medium
Rice	`Os10g0324900` (OsLHP1) - identity=36.8; qcov=0.849; evalue=3.64e-54; confidence=medium
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0031507 (heterochromatin formation)
KEGG	-
Pfam	PF00385 (Chromo)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015919

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057800404.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800404.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800404.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800404.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057800404.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:43584253`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,C48
`Chr3:43584289`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr3:43584412`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B66,C58
`Chr3:43584446`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr3:43584448`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B24,C71,C85
`Chr3:43585397`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B31,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800404.1

480 aa

240

480

Chromo

PF00385 Chromo 90-139 aa

XP_057800405.1

451 aa

226

451

Chromo

PF00385 Chromo 90-139 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800404.1`	Pfam	`PF00385`	Chromo	Domain	90	139	7.9e-17	61.7	Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain
`XP_057800405.1`	Pfam	`PF00385`	Chromo	Domain	90	139	7e-17	61.8	Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944422.1
TAACCTTGCAAAATTGAAAAAGCCGGAAGCCCTCGGCAGCAAGCACCGAGGTGGACTCTAGAGAGAGAGAGACAGAAATTGGGTTTGTAGTGAGACAGAAAAAATGAAAGGAGGGAAAAAGAGAAATTCCAACTCTGACCCCCTTCAATCGTCACCTCCATCTTCCGACCTCCCTACCTCCGTCGACGGAGCCGCCGATGAGGACCGCCGAAAAACTTCTGTGGACAGCGAGAAGCGCGAAGATGCGGAGGACGCTGTTG...

XM_057944421.1
AACCTTGCAAAATTGAAAAAGCCGGAAGCCCTCGGCAGCAAGCACCGAGGTGGACTCTAGAGAGAGAGAGACAGAAATTGGGTTTGTAGTGAGACAGAAAAAATGAAAGGAGGGAAAAAGAGAAATTCCAACTCTGACCCCCTTCAATCGTCACCTCCATCTTCCGACCTCCCTACCTCCGTCGACGGAGCCGCCGATGAGGACCGCCGAAAAACTTCTGTGGACAGCGAGAAGCGCGAAGATGCGGAGGACGCTGTTGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131015919
ATGAAAGGAGGGAAAAAGAGAAATTCCAACTCTGACCCCCTTCAATCGTCACCTCCATCTTCCGACCTCCCTACCTCCGTCGACGGAGCCGCCGATGAGGACCGCCGAAAAACTTCTGTGGACAGCGAGAAGCGCGAAGATGCGGAGGACGCTGTTGAAGAGGACGACGGAGACGAGGAGGATTCCGAAGCTGAGAGGGACTACGAACAGGACGATAACGCTCAAATTGAGGTTCAAGGAGAGCGGACCAAGCTTGCCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057800404.1
MKGGKKRNSNSDPLQSSPPSSDLPTSVDGAADEDRRKTSVDSEKREDAEDAVEEDDGDEEDSEAERDYEQDDNAQIEVQGERTKLADGYYEIEAVRRKRVRKGQVQYLIKWRGWSEAANTWEPVENLLQCSDIIDAFEESLKTGKSRSTRKRKRKAGVTYVQTKKKLHHHHHHQQQQQQQQQPQQQQPQQQPPQQRSPAAATYNVPSHVIRIAEEPISFPRLNDLSCTNGNGENSVIVTKSVETSKKVNENGARMGSVMR...

XP_057800405.1
MKGGKKRNSNSDPLQSSPPSSDLPTSVDGAADEDRRKTSVDSEKREDAEDAVEEDDGDEEDSEAERDYEQDDNAQIEVQGERTKLADGYYEIEAVRRKRVRKGQVQYLIKWRGWSEAANTWEPVENLLQCSDIIDAFEESLKTGKSRSTRKRKRKAGVTYVQTKKKLHHHHHHQQQQQQQQQPQQQQPQQQPPQQRSPAAATYNVPSHVIRIAEEPISFPRLNDLSCTNGNGENSVIVTKSVETSKKVNENGARMGSVMR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器