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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002745

染色体: Chr03 坐标: 43610234-43628464 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002745
名称SmilChr03G002745
描述uncharacterized SmilChr03G002745
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向43610234 - 43628464 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015921
GeneID131015921
locus_tag-
NCBI NameLOC131015921
原始查询SmilChr03G002745

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0218600; species=rice; confidence=low
产物hit=Os04g0218600; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs04g0218600
-
identity=44.8; qcov=0.413; evalue=0; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015921

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800413.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057800412.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057800409.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057800409.1
5 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057800412.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:43612588 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr3:43612621 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr3:43613258 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr3:43613669 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A18,B110,B124,B16,B6,B8,B88,C22,C67
Chr3:43614796 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C15
Chr3:43614796 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C15
Chr3:43614837 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 9 A18,B110,B124,B16,B6,B8,B88,C22,C67
Chr3:43615042 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 9 A18,B110,B124,B16,B6,B8,B88,C22,C67
Chr3:43615273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr3:43616873 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,B136
Chr3:43616998 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr3:43617069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944428.1
ATCTGATTTTCCAGAGTCCAACATCCAAACACGGTCTTCACATTCTTGATTTCTCGAATTCTCAAAATTGAATTTCAAGGGTGCCCCAAGACAAGATTTCTCTCCCAGTCCCAGTGTAAAAACCCCAGAGAATCCGCAGTGCCTGAATCATTGCCAACTTTCTCTCACGTATATGTACGCTTACATCTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACGGAGATGGAGGTAGAGTTGGAGCCAAGAGTGAAGCCATTGGGT...
XM_057944429.1
TCTGATTTTCCAGAGTCCAACATCCAAACACGGTCTTCACATTCTTGATTTCTCGAATTCTCAAAATTGAATTTCAAGGGTGCCCCAAGACAAGATTTCTCTCCCAGTCCCAGTGTAAAAACCCCAGAGAATCCGCAGTGCCTGAATCATTGCCAACTTTCTCTCACGTATATGTACGCTTACATCTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACGGAGATGGAGGTAGAGTTGGAGCCAAGAGTGAAGCCATTGGGTT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131015921
ATGGAGGTAGAGTTGGAGCCAAGAGTGAAGCCATTGGGTTACAAAGTGAAGGCGATGTCCAGAGAATCACCTGCACAGAAGGCTGCTCACCTGCTCGACACAGACCTCCGTAACCATTGGTCCACCGCCACTAACACCAAAGAATGGATCTTGCTCGAGCTCGACGAACCTTGCTTGCTCTCGCACATAAGGATATATAATAAGTCAGTTCTGGAATGGGAAATTTCAGTTGGATTACGTTATAAGCCAGAGACCTTTGT...
LOC131015921
ATGGAGGTAGAGTTGGAGCCAAGAGTGAAGCCATTGGGTTACAAAGTGAAGGCGATGTCCAGAGAATCACCTGCACAGAAGGCTGCTCACCTGCTCGACACAGACCTCCGTAACCATTGGTCCACCGCCACTAACACCAAAGAATGGATCTTGCTCGAGCTCGACGAACCTTGCTTGCTCTCGCACATAAGGATATATAATAAGTCAGTTCTGGAATGGGAAATTTCAGTTGGATTACGTTATAAGCCAGAGACCTTTGT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057800409.1
MEVELEPRVKPLGYKVKAMSRESPAQKAAHLLDTDLRNHWSTATNTKEWILLELDEPCLLSHIRIYNKSVLEWEISVGLRYKPETFVKVRPRCEAPRRDMMYPMNYTPCRFVRISCMRGNPIALFFVQLIGISVPGLEAEFHPVANYLLPYIISHKQDAVDMHLQLLQDVTSRLARFLPHLEADLNSFAEAAEPTMRFLAMLAGPFYPILQIASERENARLAPNIPDYEASKINVSSTALTVSSNFEPRRSRTTSSVSLP...
XP_057800411.1
MEVELEPRVKPLGYKVKAMSRESPAQKAAHLLDTDLRNHWSTATNTKEWILLELDEPCLLSHIRIYNKSVLEWEISVGLRYKPETFVKVRPRCEAPRRDMMYPMNYTPCRFVRISCMRGNPIALFFVQLIGISVPGLEAEFHPVANYLLPYIISHKQDAVDMHLQLLQDVTSRLARFLPHLEADLNSFAEAAEPTMRFLAMLAGPFYPILQIASERENARLAPNIPDYEASKINVSSTALTVSSNFEPRRSRTTSSVSLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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