Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002747`

染色体: Chr03 坐标: 43660956-43663510 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002747`
名称	SmilChr03G002747
描述	B3 domain-containing protein Os04g0386900-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	43660956 - 43663510 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015922`
GeneID	`131015922`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015922`
原始查询	`SmilChr03G002747`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	B3 domain-containing protein Os04g0386900-like
产物	B3 domain-containing protein Os04g0386900-like
Arabidopsis	`AT4G33280` (AT4G33280) AP2/B3-like transcriptional factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829464] identity=42.2; qcov=0.561; evalue=6.59e-08; confidence=low
Rice	`Os06g0112300` - identity=39.8; qcov=0.816; evalue=5.06e-13; confidence=low
GO	GO:0003677 (DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF02362 (B3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015922

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057800416.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800416.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800416.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800416.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057800416.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:43661142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr3:43661154`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B35,B97,C32,C44,C68
`Chr3:43661187`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B47
`Chr3:43661196`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6
`Chr3:43661777`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr3:43661778`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B123
`Chr3:43661778`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B123
`Chr3:43661779`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B26,C31
`Chr3:43661779`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B26,C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800416.1

147 aa

147

PF02362 B3 58-120 aa

XP_057800417.1

114 aa

114

PF02362 B3 30-87 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800416.1`	Pfam	`PF02362`	B3	Domain	58	120	2.2e-10	41.1	B3 DNA binding domain
`XP_057800417.1`	Pfam	`PF02362`	B3	Domain	30	87	2.6e-10	40.8	B3 DNA binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944434.1
GGTTGTGATTTTATATATTCCTTGTCAATTGATACAGCTGATGGACCATTGGGTATTGTCCAGCTAAAGTGAGTCTATACAGCTTTTTTCCGGTGAGAGAAGAACAAGAACATCATCACACCAGAAGATGTCGTCTCGCCCAACTGCTGTCAAGGAGGAGCGTGTGCCAACACATATTCTTCCAAGTCTTCCTAGTGTTGCTGTGCCTTTGGTTCTGAGACATGGTGATAAAGAGTGGCGGACACTGTACAATGGAGGCT...

XM_057944433.1
ATATATTCCTTGTCAATTGATACAGCTGATGGACCATTGGGTATTGTCCAGCTAAAGTGAGTCTATACAGCTTTTTTCCGGTGAGAGAAGAACAAGAACATCATCACACCAGAAGATGTCGTCTCGCCCAACTGCTGTCAAGGAGGAGATTTGCCGAATGAATGAAGGAAAATACGGGCGGTGGAGTCATCTCAAGTTCTGCAGAAGTTGATGGACTTCGTTGCCTCTCGGGAGATAAGCCGTTCTTTGATGTTATTCTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131015922
ATGTCGTCTCGCCCAACTGCTGTCAAGGAGGAGCGTGTGCCAACACATATTCTTCCAAGTCTTCCTAGTGTTGCTGTGCCTTTGGTTCTGAGACATGGTGATAAAGAGTGGCGGACACTGTACAATGGAGGCTGCAGGAGGCCGAGGATTGAGTATGCGGGTTGGAAAAGCTTTGTGGTTGATAACAACCTCAAAGTTGGAGATGCTTGCGTGTTCGAGGTGCTGGAATCTAGCACTGAGATTCTGAGGCTGAGAGTCCT...

LOC131015922
ATGAAGGAAAATACGGGCGGTGGAGTCATCTCAAGTTCTGCAGAAGTTGATGGACTTCGTTGCCTCTCGGGAGATAAGCCGTTCTTTGATGTTATTCTGTCAAAGTCACATATTGACCCCCCTCATTGTCTGCGTGTGCCAACACATATTCTTCCAAGTCTTCCTAGTGTTGCTGTGCCTTTGGTTCTGAGACATGGTGATAAAGAGTGGCGGACACTGTACAATGGAGGCTGCAGGAGGCCGAGGATTGAGTATGCGGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057800416.1
MKENTGGGVISSSAEVDGLRCLSGDKPFFDVILSKSHIDPPHCLRVPTHILPSLPSVAVPLVLRHGDKEWRTLYNGGCRRPRIEYAGWKSFVVDNNLKVGDACVFEVLESSTEILRLRVLILRNTMYLPPQLLPSDGRTPETAIEIP

XP_057800417.1
MSSRPTAVKEERVPTHILPSLPSVAVPLVLRHGDKEWRTLYNGGCRRPRIEYAGWKSFVVDNNLKVGDACVFEVLESSTEILRLRVLILRNTMYLPPQLLPSDGRTPETAIEIP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器