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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002748

染色体: Chr03 坐标: 43672005-43674888 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002748
名称SmilChr03G002748
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g03100, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向43672005 - 43674888 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015923
GeneID131015923
locus_tag-
NCBI NameLOC131015923
原始查询SmilChr03G002748

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g03100, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g03100%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G03100 (AT1G03100)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839573]
identity=60; qcov=0.92; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0422566
-
identity=51.2; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015923

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057800418.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800418.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800418.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800418.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800418.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:43672411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr3:43672476 C CT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 1 A10
Chr3:43672476 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 A10
Chr3:43672715 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr3:43672991 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B102,B9
Chr3:43672991 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,B9
Chr3:43673104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:43673851 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B101,B50
Chr3:43673852 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr3:43674002 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr3:43674049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr3:43674154 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800418.1
762 aa
N
1
381
762
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
C
PF01535 PPR 314-340 aa PF01535 PPR 473-498 aa PF13812 PPR_3 523-568 aa PF01535 PPR 612-638 aa PF13041 PPR_2 612-655 aa
XP_057800419.1
762 aa
N
1
381
762
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
C
PF01535 PPR 314-340 aa PF01535 PPR 473-498 aa PF13812 PPR_3 523-568 aa PF01535 PPR 612-638 aa PF13041 PPR_2 612-655 aa
XP_057800420.1
671 aa
N
1
336
671
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
C
PF01535 PPR 314-340 aa PF01535 PPR 473-498 aa PF13812 PPR_3 523-568 aa PF01535 PPR 612-638 aa PF13041 PPR_2 612-655 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800418.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 314 340 1.2e-19 69.8 PPR repeat
XP_057800418.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 473 498 1.2e-19 69.8 PPR repeat
XP_057800418.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 523 568 6.6e-17 62.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800418.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 612 638 1.2e-19 69.8 PPR repeat
XP_057800418.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 612 655 5e-25 88.1 PPR repeat family
XP_057800419.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 314 340 1.2e-19 69.8 PPR repeat
XP_057800419.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 473 498 1.2e-19 69.8 PPR repeat
XP_057800419.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 523 568 6.6e-17 62.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800419.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 612 638 1.2e-19 69.8 PPR repeat
XP_057800419.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 612 655 5e-25 88.1 PPR repeat family
XP_057800420.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 314 340 8e-19 67.2 PPR repeat
XP_057800420.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 473 498 8e-19 67.2 PPR repeat
XP_057800420.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 523 568 4.7e-17 62.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800420.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 612 638 8e-19 67.2 PPR repeat
XP_057800420.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 612 655 1.2e-26 93.3 PPR repeat family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944435.1
GCAGCCTACGCTGTTTGAGGTGATGATTTTTGGGTCCTGTTAGCTTTTCAGATGAAATGGCGCATCTAAGAAAAGTGAGCAGTCGAGCAACTGCGAATTACATTCTACAGAGTTTTCTTGGTAGAATTTCTAAATGTCATTGCATCACTCAAAGGGGCTACAAGCCTTTTGCTTATTTACATGACCAAGATGGTGTCTTGATGCTTCGCCATGGGTTGGAACATTTTTCACACAATTTCTCGACTATGGCAGGGACGATT...
XM_057944436.1
GCAGCCTACGCTGTTTGAGGTGATGATTTTTGGGTCCTGTTAGCTTTTCAGATGAAATGGCGCATCTAAGAAAAGTGAGCAGTCGAGCAACTGCGAATTACATTCTACAGAGTTTTCTTGGTAGAATTTCTAAATGTCATTGCATCACTCAAAGGGGCTACAAGCCTTTTGCTTATTTACATGACCAAGATGGTGTCTTGATGCTTCGCCATGGGTTGGAACATTTTTCACACAATTTCTCGACTATGGCAGGGACGATT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131015923
ATGGCGCATCTAAGAAAAGTGAGCAGTCGAGCAACTGCGAATTACATTCTACAGAGTTTTCTTGGTAGAATTTCTAAATGTCATTGCATCACTCAAAGGGGCTACAAGCCTTTTGCTTATTTACATGACCAAGATGGTGTCTTGATGCTTCGCCATGGGTTGGAACATTTTTCACACAATTTCTCGACTATGGCAGGGACGATTTTGGTCCAGGCTCGAGACATAGGCAGGCTTCATGAGGAGTTAGAGACTGCAACTGA...
LOC131015923
ATGGCGCATCTAAGAAAAGTGAGCAGTCGAGCAACTGCGAATTACATTCTACAGAGTTTTCTTGGTAGAATTTCTAAATGTCATTGCATCACTCAAAGGGGCTACAAGCCTTTTGCTTATTTACATGACCAAGATGGTGTCTTGATGCTTCGCCATGGGTTGGAACATTTTTCACACAATTTCTCGACTATGGCAGGGACGATTTTGGTCCAGGCTCGAGACATAGGCAGGCTTCATGAGGAGTTAGAGACTGCAACTGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057800418.1
MAHLRKVSSRATANYILQSFLGRISKCHCITQRGYKPFAYLHDQDGVLMLRHGLEHFSHNFSTMAGTILVQARDIGRLHEELETATDEGRFNDAWDLHEKHMRMEGFARKSIMCKLIAGLTEILDIEWHEKAYGLVEKAFEEHKQTLFDREILVYLSLGLAKCGLPIPSSTLLRKLIEMEKFPPVTVWSAIIAYMSNSPSGAFLAAELVLEIGYKFHDGRVDPRKKCNEPLISMKPNATALNIALVGCLRFGITRKGEQL...
XP_057800419.1
MAHLRKVSSRATANYILQSFLGRISKCHCITQRGYKPFAYLHDQDGVLMLRHGLEHFSHNFSTMAGTILVQARDIGRLHEELETATDEGRFNDAWDLHEKHMRMEGFARKSIMCKLIAGLTEILDIEWHEKAYGLVEKAFEEHKQTLFDREILVYLSLGLAKCGLPIPSSTLLRKLIEMEKFPPVTVWSAIIAYMSNSPSGAFLAAELVLEIGYKFHDGRVDPRKKCNEPLISMKPNATALNIALVGCLRFGITRKGEQL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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