Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002754`

染色体: Chr03 坐标: 43769909-43770824 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002754`
名称	SmilChr03G002754
描述	non-specific lipid-transfer protein 8-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	43769909 - 43770824 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015929`
GeneID	`131015929`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015929`
原始查询	`SmilChr03G002754`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	non-specific lipid-transfer protein 8-like
产物	non-specific lipid-transfer protein 8-like
Arabidopsis	`AT2G18370` (AT2G18370) Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816352] identity=60.6; qcov=0.696; evalue=4.91e-37; confidence=medium
Rice	`Os06g0539500` (OsLTP1.6) - identity=46.4; qcov=0.719; evalue=1.29e-26; confidence=medium
GO	GO:0006869 (lipid transport); GO:0008289 (lipid binding); GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015929

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057800427.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057800427.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800427.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800427.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800427.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:43770066`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	A14,C21
`Chr3:43770083`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C15,C50
`Chr3:43770243`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B102,C53,D7
`Chr3:43770294`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,B115,B78
`Chr3:43770308`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800427.1

135 aa

135

LTP_2

Tryp_alpha_amyl

PF14368 LTP_2 31-123 aa PF00234 Tryp_alpha_amyl 47-131 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800427.1`	Pfam	`PF14368`	LTP_2	Family	31	123	2.2e-08	34.8	Probable lipid transfer
`XP_057800427.1`	Pfam	`PF00234`	Tryp_alpha_amyl	Domain	47	131	1.2e-12	48.5	Protease inhibitor/seed storage/LTP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944444.1
AGGTGTATACTTAGTTGTGCAAGTTAAGTGGCACAGCTGCATTAACTTAAGCTTATGAGTTTCCCTCTTTGTCCTCAACTTGACTTTTGATCATTTGCTCCCACATCAAATCTCTTGCACGCTACCCCTCTTCTTTACATTATTTTATTAAAATTTTCATGCTTATAAATGAAGCAGCAATACACAACATCTCAACTTGCCTAGCAACCATGGCTTCTTTGAGTCAAGCAACTGCGTTTGTGGCTATGGTTATACTCTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015929
ATGCTTATAAATGAAGCAGCAATACACAACATCTCAACTTGCCTAGCAACCATGGCTTCTTTGAGTCAAGCAACTGCGTTTGTGGCTATGGTTATACTCTTAGCAGCAGCGGCTGCACCGTCGTCGGCTGCCATCACATGCAGCGACGTGATAAAGGACTTGAGGCCGTGCCTCAACTATCTCAAGAGTGGGAGCGGGGCGCCGCCGACTCCCTGCTGTGACGGTGCGTCCAGCTTGGCGGCGGCGGCCACCACCACGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800427.1
MLINEAAIHNISTCLATMASLSQATAFVAMVILLAAAAAPSSAAITCSDVIKDLRPCLNYLKSGSGAPPTPCCDGASSLAAAATTTADKQAACNCLKNAAKSITLKPELAKALPANCGISMPFQISPNVDCSKIS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器