Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002761`

染色体: Chr03 坐标: 43902231-43904050 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002761`
名称	SmilChr03G002761
描述	xylulose 5-phosphate/phosphate translocator, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	43902231 - 43904050 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015936`
GeneID	`131015936`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015936`
原始查询	`SmilChr03G002761`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	xylulose 5-phosphate/phosphate translocator, chloroplastic
产物	xylulose 5-phosphate/phosphate translocator%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G17630` (AT5G17630) Nucleotide/sugar transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831629] identity=68.5; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0187800` (OsGPT1) - identity=51.8; qcov=0.808; evalue=1.75e-107; confidence=high
GO	GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015120 (phosphoglycerate transmembrane transporter activity); GO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport); GO:0071917 (triose-phosphate transmembrane transporter activity)
KEGG	-
Pfam	PF03151 (TPT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015936

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057800441.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057800441.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800441.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800441.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800441.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:43902492`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,C62,C66,C86
`Chr3:43902598`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B132
`Chr3:43902633`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr3:43902634`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr3:43902828`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B77,C48
`Chr3:43902829`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr3:43903369`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr3:43903417`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr3:43903461`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	23	A15,A25,B113,B115,B117,B128,B139,B30,B32,B36,B38,B39,B46,B54,B59,B7,B95,C1,C39,C64,C65,C66,D4
`Chr3:43903541`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:43903592`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B128,B38,B39
`Chr3:43903659`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B77,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800441.1

406 aa

203

406

TPT

PF03151 TPT 101-390 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800441.1`	Pfam	`PF03151`	TPT	Family	101	390	1.9e-113	379.4	Triose-phosphate Transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944458.1
TAATACGATAGAAAGTGAAGCTTTCGGACCTCGCACAAACAATATACCAAAGTTGTCCGTTGCGGCGGCGACGCTTCAAAAGCGCTGTTCTTCATTGATTCCTTGAGACACGTGCGATTGGGTTTAAATTATAGGGAGCAACAGAAACAAGATCCTATGAAAGAGAAAACAAATGCCAAATACTACTAATCAATTATTTTTTCGAAAAGCATATGCGCAGCGCCGAACCTAAATCCGTCTGCTTGAATAGTTGGTGGGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015936
ATGCTATCTTTAAACCTTCTTCCGCCCTCAAATGTCACTCTCTCAAAACCCAGCAGCAGACACCGGATTAACGCCTCACTTCTGGATCGAAACAGAGCTCAATCGCTCAGAAATCCGGGTCATGGATTCCCGCTCGAATCCCCCATTTGCCGGATCTCCGAATCAAGATCAGATTTTGGGAGATTTCTGGTGCACCCATTTTCAAGATTGCCCTCTCAGAAGCTCGGGGCAGCAACCGGAGCCCCGCAAGAATCGAGCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800441.1
MLSLNLLPPSNVTLSKPSSRHRINASLLDRNRAQSLRNPGHGFPLESPICRISESRSDFGRFLVHPFSRLPSQKLGAATGAPQESSPDGEIGSPKPGMNKKLAVVFGLWYFQNIVFNIYNKKVLNIFPYPWLLASFQLFCGSVWMLMLWSSKLQPCPKIDKSFIIALLGPALFHTVGHISACVSFSKVAVSFTHVIKSAEPVFTVMFSSLIGDSYPLKVWLSILPIVFGCSLAAVTEVSFNFGGLWGAMISNVGFVLRNV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器