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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002768

染色体: Chr03 坐标: 44035273-44036982 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002768
名称SmilChr03G002768
描述F-box/kelch-repeat protein SKIP25-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向44035273 - 44036982 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015941
GeneID131015941
locus_tag-
NCBI NameLOC131015941
原始查询SmilChr03G002768

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/kelch-repeat protein SKIP25-like
产物F-box/kelch-repeat protein SKIP25-like
ArabidopsisAT1G31350 (KUF1)
KAR-UP F-box 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840024]
identity=45; qcov=0.869; evalue=3.02e-103; confidence=medium
RiceOs06g0711700
-
identity=42; qcov=0.853; evalue=2.33e-86; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015941

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800446.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057800446.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800446.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800446.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800446.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:44035501 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B122
Chr3:44035501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr3:44035553 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr3:44035744 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B69,C1,C4,D10
Chr3:44035746 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr3:44035760 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr3:44035844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B122,B19
Chr3:44035901 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B122,B19
Chr3:44035920 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr3:44036042 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B72
Chr3:44036042 T TG 1bp_insertion CDS_variant 1 B72
Chr3:44036078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944463.1
TCCAACACATCACATGTTAGAGAATGACATATTGTTAGATAAATTCTCTAGTTCACAATTCGTATCATATTTAATATCCCACTGCAAGTATGAAAACTTGTTTATTATCTCCCCACAGCAGAAAAAGGTCGAAAATCTAGTTTTTGAAATGTAGGTAGTTTATATGAGTTAAAGCATTTTGTCAACAGACTTTTGAAGGTTAATTATTGTCCTATATACTTTTGAAATATTTATTAGCCAAAAGGATGGTTGCATTAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015941
ATGGTTGCATTAGTTCATGCAAAACCTACTCCACTTTGGCACATAAACTGGTCCAAGATAATGCTTAAAAGGCAAGTAAAGTTGATTACCTTCTTATACAAGCTTTCCCATGCCATGAGAGCAGCAACAACCCCCATCACCATGGATGCTGCTGCTAAGAAACACTGTGAAAACAAAGACCTGAGCATCGATGGTAACGAGCAGTTTCAGTTGGAAAGCGAGCCAGTCTTACTCCCGGGCTTGCCAAACCATCTAGCACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800446.1
MVALVHAKPTPLWHINWSKIMLKRQVKLITFLYKLSHAMRAATTPITMDAAAKKHCENKDLSIDGNEQFQLESEPVLLPGLPNHLARLCLADLPPSLLYSVCISWRRFIYSPNFPPFYSLYALLAPTAPAPNCECQLHSATFSCFDPIAWKWRSLPSPPPPPLCMLSRHPSYISRILPIQSITASGHLLLIAANTHNFLPALTCPLVFDPLSSKWIFGPPFASPRRWCVTGSIDSSVYVASGTGAQYHRDVAISLERWDM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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