Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002771`

染色体: Chr03 坐标: 44114019-44117113 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002771`
名称	SmilChr03G002771
描述	transcription factor bHLH91-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	44114019 - 44117113 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015944`
GeneID	`131015944`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015944`
原始查询	`SmilChr03G002771`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor bHLH91-like
产物	transcription factor bHLH91-like
Arabidopsis	`AT2G31210` (AT2G31210) basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817677] identity=39.5; qcov=1.15; evalue=8.56e-80; confidence=medium
Rice	`Os04g0599300` (EAT1) - identity=50.3; qcov=0.499; evalue=3.38e-54; confidence=medium
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046983 (protein dimerization activity); GO:0048658 (anther wall tapetum development)
KEGG	-
Pfam	PF00010 (HLH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015944

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057800449.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800449.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800449.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800449.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057800449.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:44114347`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B136,B4,B52,C28,C41
`Chr3:44114347`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B136,B4,B52,C28,C41
`Chr3:44114386`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B57,B65,C33,C61
`Chr3:44114406`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	125	A13,A15,A16,A24,A5,A8,A9,B10,B102,B103,B104,B105,B109,B11,B112,B12,B124,B125,B128,B129,B130,B132,B133,B135,B136,B138,B139,B14,B15,B17,B18,B2,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B34,B35,B40,B41,B44,B48,B49,B51,B53,B55,B56,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B67,B68,B70,B72,B73,B75,B77,B82,B83,B84,B85,B86,B88,B89,B94,B95,B96,B97,B99,C10,C11,C12,C14,C17,C19,C2,C22,C24,C29,C3,C31,C32,C33,C36,C40,C42,C43,C46,C47,C48,C49,C51,C52,C55,C56,C57,C59,C60,C62,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C70,C72,C74,C77,C80,C81,C82,C84,C86,C87,D1,D11,D4,D5,D8
`Chr3:44114411`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	124	A15,A16,A24,A5,A8,A9,B10,B102,B103,B104,B105,B106,B109,B11,B112,B12,B124,B125,B128,B129,B130,B132,B133,B135,B136,B138,B139,B14,B15,B17,B18,B2,B22,B23,B24,B25,B26,B34,B35,B37,B40,B44,B45,B48,B49,B51,B53,B55,B56,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B67,B68,B70,B72,B73,B75,B77,B82,B83,B84,B85,B86,B88,B89,B94,B96,B97,B99,C10,C11,C12,C14,C17,C19,C2,C22,C24,C29,C3,C31,C32,C33,C36,C40,C42,C43,C46,C47,C48,C49,C51,C52,C55,C56,C57,C59,C60,C62,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C70,C72,C74,C77,C80,C81,C82,C84,C86,C87,D1,D11,D4,D5,D8
`Chr3:44114461`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr3:44114822`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr3:44115013`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B73,C38,C53,C78
`Chr3:44115027`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr3:44115081`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B117,B47
`Chr3:44115146`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr3:44115312`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800449.1

387 aa

194

387

HLH

PF00010 HLH 204-251 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800449.1`	Pfam	`PF00010`	HLH	Domain	204	251	2e-09	37.8	Helix-loop-helix DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944466.1
AAAGTTTGAATTAGAAAAAAGAAGATGTATGAAGAAAACAATGGTTTTGATGAAAGCATCAGTATGCATGGAGGTGGATTCAGTGAAGCTGAGGATGCTTTCTCCCAAACCCACTGCAACAACTTCACCACACAGGAGCAACCCTACCCTCAAAACGACGTCGCCGCCCTAGAGATGGAGCTGCAGATCGAGCAGTGCTTCACCACCAACAACAAAATTCATGAAATGGTTCACCACGCCTCTCATTGGCAAGACATCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015944
ATGTATGAAGAAAACAATGGTTTTGATGAAAGCATCAGTATGCATGGAGGTGGATTCAGTGAAGCTGAGGATGCTTTCTCCCAAACCCACTGCAACAACTTCACCACACAGGAGCAACCCTACCCTCAAAACGACGTCGCCGCCCTAGAGATGGAGCTGCAGATCGAGCAGTGCTTCACCACCAACAACAAAATTCATGAAATGGTTCACCACGCCTCTCATTGGCAAGACATCACCACTGGCCATTACCAGAATTCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800449.1
MYEENNGFDESISMHGGGFSEAEDAFSQTHCNNFTTQEQPYPQNDVAALEMELQIEQCFTTNNKIHEMVHHASHWQDITTGHYQNSAADFNQVFAAKASFTQPPDLPTIFPPPSSLLPNFPQKSPAFSASSSSIVYDPLLALNQPPSFRDLFYSSPNGGGVYTLGVGVDEREGNVGIYENGEGVFEFTAAEMVEIENGDGIKDTKHHSSEKRRRVELKGKYESLRLLVPDPSKNDRASIVADAIRYIKELKRTVSELKGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器