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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002796`

染色体: Chr03 坐标: 44443998-44457115 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002796`
名称	SmilChr03G002796
描述	clustered mitochondria protein
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	44443998 - 44457115 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015964`
GeneID	`131015964`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015964`
原始查询	`SmilChr03G002796`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	clustered mitochondria protein
产物	clustered mitochondria protein
Arabidopsis	`AT3G52140` (NOXY38) tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824378] identity=63.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0717400` - identity=61.9; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006996 (organelle organization)
KEGG	-
Pfam	PF05303 (GSKIP_dom); PF12807 (eIF3_p135); PF13236 (CLU); PF13374 (TPR_10); PF13424 (TPR_12); PF15044 (CLU_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015964

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057800464.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057800464.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800464.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800464.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800464.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:44444305`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr3:44444327`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B127,B9,C42,C51
`Chr3:44444376`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B5,B57,B7
`Chr3:44444381`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,B59
`Chr3:44444455`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B73,C38,C53,C78
`Chr3:44444699`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,B59
`Chr3:44445810`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,C6
`Chr3:44446137`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,B86
`Chr3:44446997`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C32
`Chr3:44447571`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B127,B9,C42,C51
`Chr3:44448807`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B66,C10,C77,D1
`Chr3:44448828`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C19,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800464.1

1417 aa

708

1417

CLU_N

GSKIP_dom

CLU

eIF3_p135

TPR_10

TPR_12

TPR_10

PF15044 CLU_N 97-173 aa PF05303 GSKIP_dom 258-328 aa PF13236 CLU 380-474 aa PF13236 CLU 520-660 aa PF12807 eIF3_p135 805-990 aa PF13374 TPR_10 1059-1100 aa PF13424 TPR_12 1065-1129 aa PF13424 TPR_12 1100-1172 aa PF13424 TPR_12 1142-1216 aa PF13374 TPR_10 1143-1183 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800464.1`	Pfam	`PF15044`	CLU_N	Family	97	173	1e-12	49.0	Mitochondrial function, CLU-N-term
`XP_057800464.1`	Pfam	`PF05303`	GSKIP_dom	Domain	258	328	5.8e-07	30.3	GSKIP domain
`XP_057800464.1`	Pfam	`PF13236`	CLU	Domain	380	474	1.6e-74	251.2	Clustered mitochondria
`XP_057800464.1`	Pfam	`PF13236`	CLU	Domain	520	660	1.6e-74	251.2	Clustered mitochondria
`XP_057800464.1`	Pfam	`PF12807`	eIF3_p135	Family	805	990	1.2e-47	162.9	Translation initiation factor eIF3 subunit 135
`XP_057800464.1`	Pfam	`PF13374`	TPR_10	Repeat	1059	1100	8.5e-19	67.6	Tetratricopeptide repeat
`XP_057800464.1`	Pfam	`PF13424`	TPR_12	Repeat	1065	1129	2.2e-30	105.4	Tetratricopeptide repeat
`XP_057800464.1`	Pfam	`PF13424`	TPR_12	Repeat	1100	1172	2.2e-30	105.4	Tetratricopeptide repeat
`XP_057800464.1`	Pfam	`PF13424`	TPR_12	Repeat	1142	1216	2.2e-30	105.4	Tetratricopeptide repeat
`XP_057800464.1`	Pfam	`PF13374`	TPR_10	Repeat	1143	1183	8.5e-19	67.6	Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944481.1
TATATTGGGTTTCAAGAAGAAGAATCCGCCGTCTCTGCGTCCCTCACACAGTCACTCTACATTTCTCTCCCTAATTGCACAAAACCTCAGCCACCAAACCCCAAAACCCCTCATTCACTATTTCGTGGCCTTTGGCGTCGAGGGCTGAAATTCACCCTGGGGTCAAAGATGGCGGGAAAGTCGAGTAAGGGAAAGAATCGTAAAGTGTCGCAGCAAAGTACTACGAATTCATCAGAACTGCATGTCTCTTCTGATGCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015964
ATGGCGGGAAAGTCGAGTAAGGGAAAGAATCGTAAAGTGTCGCAGCAAAGTACTACGAATTCATCAGAACTGCATGTCTCTTCTGATGCTCCCTTAAATGATAGTTCCACTGCTTCAGAGGCTAATGGAGATAAAAGCTTGACTGAATCAATTGAACCAAAGCCAGAGGTGAAGGAACAGGATAATGCATCAGAGCAGCATCAAGCAAAGCAAGCTGAGGTTCATCTATATCCCGTTCCTGTAAAAACACAAGGAGGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800464.1
MAGKSSKGKNRKVSQQSTTNSSELHVSSDAPLNDSSTASEANGDKSLTESIEPKPEVKEQDNASEQHQAKQAEVHLYPVPVKTQGGEKLELQLSPGDSVMDVRQFLLDAPETCFMTCYDLLLHTKEGSVHHLEDYNEISEVADITSGSCFLEMIAALYDDRSIRAHVHRTRELLSLLTLHSSLSTTLALQHETGRNAANNKADAVKAEVPELDNLGFMENVTSSLTSLLSSPSKEIKCVESIVFSSFNPPPSYRRLSGDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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