Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002798`

染色体: Chr03 坐标: 44481299-44481996 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002798`
名称	SmilChr03G002798
描述	histone H3.2
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	44481299 - 44481996 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015968`
GeneID	`131015968`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015968`
原始查询	`SmilChr03G002798`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	histone H3.2
产物	histone H3.2
Arabidopsis	`AT1G09200` (AT1G09200) Histone superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837440] identity=100; qcov=1; evalue=7.62e-96; confidence=high
Rice	`Os11g0155900` (H3R-11) - identity=100; qcov=1; evalue=5.19e-96; confidence=high
GO	GO:0000786 (nucleosome); GO:0003677 (DNA binding); GO:0030527 (structural constituent of chromatin); GO:0046982 (protein heterodimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF00125 (Histone)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015968

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057800468.1`
2	Chromosome	染色体	1.00000	`XP_057800468.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057800468.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800468.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800468.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:44481570`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr3:44481602`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C4
`Chr3:44481602`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C4
`Chr3:44481605`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr3:44481717`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B132,B137,B76
`Chr3:44481780`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B132,B137,B76
`Chr3:44481816`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800468.1

136 aa

136

Histone

PF00125 Histone 44-131 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800468.1`	Pfam	`PF00125`	Histone	Domain	44	131	7e-39	132.8	Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944485.1
CTCACTCCCTACTTATACCCCCCACCACCGCCCCTTCCAATCTACCACGCTCAACACATACTAATCTATACATACAAATTTTATCTCTACACCACAATCCTCCTTCATTTTCATCAATGGCTCGCACCAAGCAAACTGCTCGCAAGTCCACTGGCGGCAAGGCGCCGAGGAAGCAGCTCGCCACCAAGGCCGCGAGGAAGTCCGCCCCCGCCACCGGCGGCGTGAAGAAGCCCCACCGCTTCCGCCCTGGGACCGTTGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015968
ATGGCTCGCACCAAGCAAACTGCTCGCAAGTCCACTGGCGGCAAGGCGCCGAGGAAGCAGCTCGCCACCAAGGCCGCGAGGAAGTCCGCCCCCGCCACCGGCGGCGTGAAGAAGCCCCACCGCTTCCGCCCTGGGACCGTTGCGCTTCGTGAGATCAGGAAGTACCAGAAGTCGACGGAGCTCCTGATCCGCAAGCTGCCGTTCCAGCGCCTCGTGCGGGAAATCGCGCAGGACTTCAAGACGGATCTGAGGTTCCAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800468.1
MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRFRPGTVALREIRKYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVAALQEAAEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器