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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002826

染色体: Chr03 坐标: 44748438-44749111 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002826
名称SmilChr03G002826
描述zinc finger protein 2-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向44748438 - 44749111 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016020
GeneID131016020
locus_tag-
NCBI NameLOC131016020
原始查询SmilChr03G002826

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger protein 2-like
产物zinc finger protein 2-like
ArabidopsisAT5G14010 (KNU)
C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831249]
identity=75.6; qcov=0.287; evalue=3.42e-15; confidence=weak
RiceOs08g0555700
-
identity=42.1; qcov=0.531; evalue=1.59e-12; confidence=low
GOGO:0009788 (negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016020

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800556.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800556.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800556.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800556.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057800556.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:44748644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,C41,C76
Chr3:44748768 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 86 A1,A10,A13,A16,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A6,B1,B109,B110,B111,B122,B124,B128,B130,B131,B14,B140,B15,B2,B21,B24,B25,B26,B27,B32,B33,B38,B39,B4,B41,B46,B5,B69,B74,B76,B77,B78,B8,B82,B86,B87,B91,B93,B94,B96,C15,C17,C19,C2,C20,C24,C26,C30,C36,C38,C40,C43,C45,C48,C5,C50,C52,C59,C60,C68,C7,C71,C76,C78,C79,C8,C81,C87,D10,D5,D7,D8,D9
Chr3:44748773 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A22,C59,C8
Chr3:44748773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,C59,C8
Chr3:44748838 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B13,B26,B54
Chr3:44748881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B47
Chr3:44748898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B138,B31,B61
Chr3:44748921 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B136,C33
Chr3:44748924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,D6
Chr3:44748933 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 13 A13,A6,B11,B111,B140,B2,B74,C17,C19,C36,C38,C58,C86
Chr3:44748938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:44748952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B130,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944573.1
TAACTACATTTCTCTCTCTCTCTCTCACCTTCGAACCACATCAATGGCGGACCCTAGCACGTACGATTTCTTCAAGCTAAACACTCATCCGTCGAACAAACTAAATCCTCCGTCAAATTCGTGCTCCAATTCGCGATTGTTCTCCTGCCTCTACTGCAACCGCAAGTTCTGCACTTCTCAGGCCTTAGGCGGCCATCAGAACGCGCACAAGCGCGAGAGAGCTGCTACTCGAAGAAATCTCGCCGCCGGAGATGCGGTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016020
ATGGCGGACCCTAGCACGTACGATTTCTTCAAGCTAAACACTCATCCGTCGAACAAACTAAATCCTCCGTCAAATTCGTGCTCCAATTCGCGATTGTTCTCCTGCCTCTACTGCAACCGCAAGTTCTGCACTTCTCAGGCCTTAGGCGGCCATCAGAACGCGCACAAGCGCGAGAGAGCTGCTACTCGAAGAAATCTCGCCGCCGGAGATGCGGTCTCCCGCCCCCACAGCCACCCGCCCGCCGCCGCCGCATCGTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800556.1
MADPSTYDFFKLNTHPSNKLNPPSNSCSNSRLFSCLYCNRKFCTSQALGGHQNAHKRERAATRRNLAAGDAVSRPHSHPPAAAASFELNSPPPPSYGHWLQQSLDDGSSSAPLAVFGGGRSISERFSVDDSGDNVNLDLTLRL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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