当前解析结果
SmilChr03G002829| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002829 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002829 |
| 描述 | 14-3-3-like protein A |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 44763431 - 44764048 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018860 |
|---|---|
| GeneID | 131018860 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018860 |
| 原始查询 | SmilChr03G002829 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 14-3-3-like protein A |
| 产物 | 14-3-3-like protein A |
| Arabidopsis | AT1G78300 (GRF2)ral regulatory factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844165] identity=73.1; qcov=0.788; evalue=2.18e-74; confidence=high |
| Rice | Os03g0710800 (GF14F)- identity=72.2; qcov=0.778; evalue=1.07e-70; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0007165 (signal transduction) |
| KEGG | smil04519 (Cadherin signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00244 (14-3-3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018860 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057803541.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057803541.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057803541.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803541.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803541.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:44763439 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B11,C22,C39 |
Chr3:44763447 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B29,B64,B66,C15,C54 |
Chr3:44763459 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 24 | A3,B1,B117,B14,B140,B22,B25,B44,B50,B89,C16,C29,C4,C43,C44,C47,C5,C58,C6,C62,C65,C71,C82,D6 |
Chr3:44763478 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 10 | B105,B113,B30,B90,B92,C19,C20,C3,C7,C9 |
Chr3:44763515 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B56,B96,C71 |
Chr3:44763547 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
Chr3:44763568 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 38 | A16,A2,A4,A8,B114,B115,B118,B119,B121,B123,B128,B129,B137,B15,B26,B28,B34,B36,B40,B45,B57,B58,B69,B74,B79,B88,B94,C2,C20,C25,C32,C63,C73,C81,C84,C9,D11,D7 |
Chr3:44763599 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C55,D8 |
Chr3:44763607 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A7,B30,B35,B55,C23 |
Chr3:44763623 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B11,B61,B98,C14,C39,C56 |
Chr3:44763634 |
CCG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 16 | A16,A2,B121,B123,B137,B15,B25,B43,B69,B79,B94,C2,C25,C63,C73,C9 |
Chr3:44763637 |
T |
TTC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 16 | A16,A2,B121,B123,B137,B15,B25,B43,B69,B79,B94,C2,C25,C63,C73,C9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803541.1PF00244
14-3-3 11-159 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803541.1 |
Pfam | PF00244 |
14-3-3 | Repeat | 11 | 159 | 6.3e-51 | 173.8 | 14-3-3 protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。