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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002838

染色体: Chr03 坐标: 44921275-44922526 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002838
名称SmilChr03G002838
描述actin-related protein 3-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向44921275 - 44922526 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016026
GeneID131016026
locus_tag-
NCBI NameLOC131016026
原始查询SmilChr03G002838

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述actin-related protein 3-like
产物actin-related protein 3-like
ArabidopsisAT1G13180 (DIS1)
Actin-like ATPase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837876]
identity=71.4; qcov=0.933; evalue=7.75e-28; confidence=medium
RiceOs02g0596900 (ARP3)
-
identity=68.1; qcov=0.96; evalue=1.61e-29; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016026

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057800564.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057800564.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057800564.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800564.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800564.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:44921849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B15,B52,C61
Chr3:44921882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr3:44921883 TG T 1bp_deletion CDS_variant 5 B103,B105,B129,B47,B67
Chr3:44922110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,C47,C51
Chr3:44922146 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr3:44922196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr3:44922198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr3:44922228 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944581.1
TTAAATGGTTAAGTATCAAACAAGCCCCTAACATAGAGGTCTTTATCACGTATAGATCCCTATAGTCGAAGTTGGTCCAACTAAACCCTCGAAGTCCTTAATTTCGAGCAATTAGCCCCTCCGCCCTAACGGCCGTTTAACGCCGTTAACTATTTTCATTTTTTTTCAATATTTTTTTGTCGGTGGAAACACGCTGGAAACACGTCGAAAAGTGCAGAGCAGCAACTTCGACCCCATATGCAATCTCCTTAGCAGATACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016026
ATGGAGTCCGCCGCCTCGCGCCCTACTGTGGTAATCGACAGTGGCACTGGGTATACTAGAATGGGATTTGCCGGAAATGTGGAGCTGTGCTTCATAGTTCCGACTGTAGTTGCATTAAACAACTCATTCTTGAACCAGCCGCGGCCGAGTTCGAGCAAGAGCAACAATTGGCTAGGGAAGCACAATGCAGGGTTGATGGCGGATCTCGATTTCTATATAGGAGAATAG

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800564.1
MESAASRPTVVIDSGTGYTRMGFAGNVELCFIVPTVVALNNSFLNQPRPSSSKSNNWLGKHNAGLMADLDFYIGE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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