当前解析结果
SmilChr03G002844| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002844 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002844 |
| 描述 | dehydrin DHN1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 44985445 - 45002691 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131016009 |
|---|---|
| GeneID | 131016009 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016009 |
| 原始查询 | SmilChr03G002844 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dehydrin DHN1-like |
| 产物 | dehydrin DHN1-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0009415 (response to water) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00257 (Dehydrin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016009 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057800541.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057800541.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057800541.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800541.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057800541.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:44985760 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C58,C85 |
Chr3:44985820 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C38 |
Chr3:44985830 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C9 |
Chr3:44985837 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B100 |
Chr3:44986025 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C6,C75 |
Chr3:44986032 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C6,C75 |
Chr3:44986035 |
AGT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 13 | B112,B134,B140,B24,B31,B38,B39,B46,C27,C38,C43,C85,D1 |
Chr3:44986045 |
GCT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 13 | B112,B134,B140,B24,B31,B38,B39,B46,C27,C38,C43,C85,D1 |
Chr3:44986055 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B73,B91,C16,C19,C48 |
Chr3:44986111 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C47,C51 |
Chr3:44986138 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C58,C6,C75,C85 |
Chr3:44986163 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,B96 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800541.1PF00257
Dehydrin 66-197 aa
XP_057800542.1PF00257
Dehydrin 7-138 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800541.1 |
Pfam | PF00257 |
Dehydrin | Family | 66 | 197 | 4.7e-13 | 50.6 | Dehydrin |
XP_057800542.1 |
Pfam | PF00257 |
Dehydrin | Family | 7 | 138 | 2.2e-13 | 51.6 | Dehydrin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。