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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002849

染色体: Chr03 坐标: 45041531-45047348 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002849
名称SmilChr03G002849
描述uncharacterized SmilChr03G002849
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向45041531 - 45047348 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015984
GeneID131015984
locus_tag-
NCBI NameLOC131015984
原始查询SmilChr03G002849

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ENTH/VHS family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822316]; symbol=AT3G26990; hit=AT3G26990; species=arabidopsis; confidence=high
产物ENTH/VHS family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822316]; symbol=AT3G26990; hit=AT3G26990; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G26990 (AT3G26990)
ENTH/VHS family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822316]
identity=48; qcov=1.05; evalue=1.36e-141; confidence=high
RiceOs01g0925000
-
identity=46.4; qcov=0.538; evalue=4.27e-88; confidence=medium
GOGO:0000993 (RNA polymerase II complex binding); GO:0016591 (RNA polymerase II, holoenzyme); GO:0031124 (mRNA 3'-end processing)
KEGG-
PfamPF04818 (CID)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015984

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800498.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057800498.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800498.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800498.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800498.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:45044181 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr3:45045118 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr3:45046196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C6,C75
Chr3:45046568 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C6,C75
Chr3:45046737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr3:45046747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B112,C50
Chr3:45046798 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr3:45046808 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C31
Chr3:45046844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B48
Chr3:45046888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr3:45047040 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr3:45047102 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800498.1
510 aa
N
1
255
510
CID
C
PF04818 CID 9-120 aa
XP_057800499.1
510 aa
N
1
255
510
CID
C
PF04818 CID 9-120 aa
XP_057800500.1
509 aa
N
1
254
509
CID
C
PF04818 CID 9-120 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800498.1 Pfam PF04818 CID Repeat 9 120 1e-36 126.5 CID domain
XP_057800499.1 Pfam PF04818 CID Repeat 9 120 1e-36 126.5 CID domain
XP_057800500.1 Pfam PF04818 CID Repeat 9 120 1e-36 126.5 CID domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944515.1
AATAAATAAATAAGAACCTTCACACGGTGGACACCTGCAGCAGAGTCATCCGAAGTCATACTTCTTTTTCCAGTACCGCTCGATATCAATCCTGAAATCCAATTTGTAATTGCAAACCCTAATTTCAATTCTTCACTTTCAAATTCCACTCAACGACGAAATCACCACTTCTGCAGACTAAATTCCGCCTTTTAACCCTAAGGATTGTCGAATCCTTGATTGAACATGAAAATTGAGAATGAAGTTTGAAGAAAATTCAA...
XM_057944517.1
TGGACACCTGCAGCAGAGTCATCCGAAGTCATACTTCTTTTTCCAGTACCGCTCGATATCAATCCTGAAATCCAATTTGTAATTGCAAACCCTAATTTCAATTCTTCACTTTCAAATTCCACTCAACGACGAAATCACCACTTCTGCAGACTAAATTCCGCCTTTTAACCCTAAGGATTGTCGAATCCTTGATTGAACATGAAAATTGAGAATGAAGTTTGAAGAAAATTCAATCTTTATCGCAAGGGGCTCGTGTTTCG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131015984
ATGGGAAGCACTTTTAATCCTCAGATATTGGTTGACAAGCTGTCAAAGCTCAACAGCTCGCAGCAAAGCATTGAGACTCTGTCACACTGGTGCATTTTTCACATGAACAAAGCAAAACAAGTAGTAGAAACATGGGATAGACAGTTTCATTGTGCTCCTCGTGAGCAGCGCTTGGCTTTTCTATATCTTGCAAATGACATTCTCCAGAACAGCAGACGAAAGGGTGCAGAGTTTGTTGCAGAGTTTTGGAAGGTTCTACC...
LOC131015984
ATGGGAAGCACTTTTAATCCTCAGATATTGGTTGACAAGCTGTCAAAGCTCAACAGCTCGCAGCAAAGCATTGAGACTCTGTCACACTGGTGCATTTTTCACATGAACAAAGCAAAACAAGTAGTAGAAACATGGGATAGACAGTTTCATTGTGCTCCTCGTGAGCAGCGCTTGGCTTTTCTATATCTTGCAAATGACATTCTCCAGAACAGCAGACGAAAGGGTGCAGAGTTTGTTGCAGAGTTTTGGAAGGTTCTACC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057800498.1
MGSTFNPQILVDKLSKLNSSQQSIETLSHWCIFHMNKAKQVVETWDRQFHCAPREQRLAFLYLANDILQNSRRKGAEFVAEFWKVLPDSLRDVIEHGDEFAKSAALRLISIWEERKVFGSRGQILKEEFGKRQLDNGNKTRKLTGPKPQPAGGNSLEKLVSGYEAVSISQLDEDAIFSKCRNAISFVEKVDKDAEGDSRLGHVKGGISDELKEQHAVLRDCIEQLAIVESARANLVSLLREALQEQVYKLDQVRDQLQAA...
XP_057800499.1
MGSTFNPQILVDKLSKLNSSQQSIETLSHWCIFHMNKAKQVVETWDRQFHCAPREQRLAFLYLANDILQNSRRKGAEFVAEFWKVLPDSLRDVIEHGDEFAKSAALRLISIWEERKVFGSRGQILKEEFGKRQLDNGNKTRKLTGPKPQPAGGNSLEKLVSGYEAVSISQLDEDAIFSKCRNAISFVEKVDKDAEGDSRLGHVKGGISDELKEQHAVLRDCIEQLAIVESARANLVSLLREALQEQVYKLDQVRDQLQAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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