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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002863

染色体: Chr03 坐标: 45249700-45250683 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002863
名称SmilChr03G002863
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09680
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向45249700 - 45250683 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018866
GeneID131018866
locus_tag-
NCBI NameLOC131018866
原始查询SmilChr03G002863

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09680
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09680
ArabidopsisAT1G09680 (AT1G09680)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837496]
identity=50.3; qcov=0.948; evalue=2.65e-108; confidence=high
RiceOs06g0152500
-
identity=35.4; qcov=0.942; evalue=5.67e-61; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018866

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057803546.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057803546.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057803546.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803546.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803546.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:45249733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:45249736 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B66
Chr3:45249803 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr3:45250167 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B45,B78,D10
Chr3:45250176 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:45250203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:45250276 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 3 B24,C68,D6
Chr3:45250276 CT C 1bp_deletion CDS_variant 3 B24,C68,D6
Chr3:45250284 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 3 B24,C68,D6
Chr3:45250284 T TCC 2bp_insertion CDS_variant 3 B24,C68,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803546.1
327 aa
N
1
164
327
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_long
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
TPR_24
PPR_1
PPR
PPR_2
TPR_24
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
C
PF13812 PPR_3 14-65 aa PF12854 PPR_1 16-48 aa PF13041 PPR_2 20-69 aa PF01535 PPR 23-52 aa PF12854 PPR_1 52-83 aa PF13041 PPR_2 55-103 aa PF13812 PPR_3 56-103 aa PF01535 PPR 58-88 aa PF17177 PPR_long 72-177 aa PF12854 PPR_1 87-119 aa PF13041 PPR_2 90-139 aa PF01535 PPR 93-123 aa PF13812 PPR_3 114-170 aa PF23276 TPR_24 119-219 aa PF12854 PPR_1 121-153 aa PF01535 PPR 128-157 aa PF13041 PPR_2 128-166 aa PF23276 TPR_24 140-251 aa PF12854 PPR_1 159-188 aa PF13041 PPR_2 161-209 aa PF01535 PPR 163-190 aa PF12854 PPR_1 193-224 aa PF01535 PPR 199-228 aa PF13812 PPR_3 219-277 aa PF12854 PPR_1 227-258 aa PF13041 PPR_2 231-279 aa PF01535 PPR 233-263 aa PF12854 PPR_1 262-279 aa PF01535 PPR 268-289 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803546.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 14 65 3e-42 143.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057803546.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 16 48 2.2e-92 303.2 PPR repeat
XP_057803546.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 20 69 1.8e-96 316.8 PPR repeat family
XP_057803546.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 23 52 2.7e-66 216.0 PPR repeat
XP_057803546.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 52 83 2.2e-92 303.2 PPR repeat
XP_057803546.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 55 103 1.8e-96 316.8 PPR repeat family
XP_057803546.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 56 103 3e-42 143.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057803546.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 58 88 2.7e-66 216.0 PPR repeat
XP_057803546.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 72 177 5.2e-20 72.4 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057803546.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 87 119 2.2e-92 303.2 PPR repeat
XP_057803546.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 90 139 1.8e-96 316.8 PPR repeat family
XP_057803546.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 93 123 2.7e-66 216.0 PPR repeat
XP_057803546.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 114 170 3e-42 143.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057803546.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 119 219 2.8e-25 89.5 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057803546.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 121 153 2.2e-92 303.2 PPR repeat
XP_057803546.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 128 157 2.7e-66 216.0 PPR repeat
XP_057803546.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 128 166 1.8e-96 316.8 PPR repeat family
XP_057803546.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 140 251 2.8e-25 89.5 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057803546.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 159 188 2.2e-92 303.2 PPR repeat
XP_057803546.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 161 209 1.8e-96 316.8 PPR repeat family
XP_057803546.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 163 190 2.7e-66 216.0 PPR repeat
XP_057803546.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 193 224 2.2e-92 303.2 PPR repeat
XP_057803546.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 199 228 2.7e-66 216.0 PPR repeat
XP_057803546.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 219 277 3e-42 143.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057803546.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 227 258 2.2e-92 303.2 PPR repeat
XP_057803546.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 231 279 1.8e-96 316.8 PPR repeat family
XP_057803546.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 233 263 2.7e-66 216.0 PPR repeat
XP_057803546.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 262 279 2.2e-92 303.2 PPR repeat
XP_057803546.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 268 289 2.7e-66 216.0 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947563.1
ATGATTCTCCGGCCTCAACTGAACCTCAACCCTCCGCTGCAGGAAAATGGAGTTTGCCCTGATGTTTACACTTATAGTGTTCTTCTCAATGGGCTGTGTAAGGCTAGAAAAATGGACTGTGCAGATGAATTGTTCAAGGAGATGCTTCACGTTGGCTTGTCCCCGAATTATGTTACGTTCACAACGTTGATTGATGGGCATTGCAAGAACGAGAGGGTCGATTTAGCTATGGATGTTTATAGACAAATGTTGGCTGAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018866
ATGATTCTCCGGCCTCAACTGAACCTCAACCCTCCGCTGCAGGAAAATGGAGTTTGCCCTGATGTTTACACTTATAGTGTTCTTCTCAATGGGCTGTGTAAGGCTAGAAAAATGGACTGTGCAGATGAATTGTTCAAGGAGATGCTTCACGTTGGCTTGTCCCCGAATTATGTTACGTTCACAACGTTGATTGATGGGCATTGCAAGAACGAGAGGGTCGATTTAGCTATGGATGTTTATAGACAAATGTTGGCTGAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803546.1
MILRPQLNLNPPLQENGVCPDVYTYSVLLNGLCKARKMDCADELFKEMLHVGLSPNYVTFTTLIDGHCKNERVDLAMDVYRQMLAEGLVPDLITYNAIINVLCNKGDLKEARCLIEEMSVKGLKPDKVTYTTLIDGSCKAGDLETAFELKKIMIEEKIALDSVVYTALISGLCREGRVVEAEKMLREMLRVDLKADCGTYTMIMDGLCKRGEVRRASMLLREMQRDGIAASVVSYNVLINGYCRVGQMKNANMLLTAMMN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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