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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002864

染色体: Chr03 坐标: 45258469-45259981 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002864
名称SmilChr03G002864
描述uncharacterized SmilChr03G002864
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向45258469 - 45259981 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018867
GeneID131018867
locus_tag-
NCBI NameLOC131018867
原始查询SmilChr03G002864

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=31.6; qcov=0.517; evalue=2.97e-21; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018867

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803547.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057803547.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057803547.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057803547.1
5 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057803547.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:45258479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B112,B131,B132,B21
Chr3:45258484 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B104,B42,C80,D5
Chr3:45258485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr3:45258486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B132,B21
Chr3:45258488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr3:45258491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B60,B65,B8
Chr3:45258498 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,C12,C47
Chr3:45258516 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr3:45258528 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B138,C38
Chr3:45258550 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr3:45258554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B47,C56
Chr3:45258559 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B42,B57,B65,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947564.1
ATGGTACCACTGATCCAGAGGCATCAAGTGCCGTATATTCTCCACCACGTTGACTGGCCCGCCCAGTTGTGGTTTGGGACGCTTGCCCCAAATTCCATCCGTTCGTTTGAGGAATTACAAGTGCGTTTTCTGAGGCAGTTCGCAAGCTCGCGAAGAGTTGGGAAGTCAGCCCTTTCCCTGATGGATATCAAACAAGACCAGAATGAGACACTGCGGGAGTATACTGCCAGGTTCAATCTCGCCGCTCTGGAGGTGCCAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018867
ATGGTACCACTGATCCAGAGGCATCAAGTGCCGTATATTCTCCACCACGTTGACTGGCCCGCCCAGTTGTGGTTTGGGACGCTTGCCCCAAATTCCATCCGTTCGTTTGAGGAATTACAAGTGCGTTTTCTGAGGCAGTTCGCAAGCTCGCGAAGAGTTGGGAAGTCAGCCCTTTCCCTGATGGATATCAAACAAGACCAGAATGAGACACTGCGGGAGTATACTGCCAGGTTCAATCTCGCCGCTCTGGAGGTGCCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803547.1
MVPLIQRHQVPYILHHVDWPAQLWFGTLAPNSIRSFEELQVRFLRQFASSRRVGKSALSLMDIKQDQNETLREYTARFNLAALEVPETESQIKNCAYVRGLKPGIFFDELQIRPARDFDDIMSRLPGYLQLEDVRMARKAENDKHKAKRAEEAPKRQRHQDRAPFRGLPPRVPPPQAEGPPHQQRTVNEVTRFDEYTPLNKPQEEIFHLIKNQPFFRAPGTYRDGQPQQGPNNKLCEYHNAYGHFTKHCGHLKHQLEFLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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