Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002872`

染色体: Chr03 坐标: 45383921-45386756 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002872`
名称	SmilChr03G002872
描述	rhodanese-like domain-containing protein 6
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	45383921 - 45386756 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018868`
GeneID	`131018868`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018868`
原始查询	`SmilChr03G002872`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	rhodanese-like domain-containing protein 6
产物	rhodanese-like domain-containing protein 6
Arabidopsis	`AT1G09280` (AT1G09280) rhodanese-like domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837449] identity=71.6; qcov=0.92; evalue=3.89e-111; confidence=high
Rice	`Os12g0563400` (OsStr18) - identity=70.3; qcov=0.924; evalue=3.73e-111; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF12368 (Rhodanese_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018868

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803548.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803548.1`
3	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057803548.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057803548.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803548.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:45383961`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,C53
`Chr3:45383962`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr3:45384131`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr3:45384203`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B125,C73
`Chr3:45384406`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr3:45386202`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	12	A1,A7,B125,B2,B20,B40,B83,B97,C26,C53,C59,C61
`Chr3:45386728`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	102	A1,A10,A13,A14,A15,A18,A19,A21,A23,A24,A25,A6,A7,B100,B104,B107,B110,B112,B115,B119,B125,B126,B132,B133,B136,B137,B138,B15,B18,B2,B20,B21,B23,B24,B3,B31,B34,B42,B43,B46,B47,B5,B50,B55,B56,B59,B60,B61,B63,B64,B65,B66,B7,B71,B76,B8,B80,B83,B86,B9,B93,B95,B96,B97,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C26,C3,C32,C36,C39,C40,C44,C45,C47,C5,C51,C52,C54,C56,C57,C61,C65,C68,C7,C71,C72,C73,C74,C77,C78,C8,C85,C86,D3,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803548.1

237 aa

118

237

Rhodanese_C

PF12368 Rhodanese_C 166-231 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803548.1`	Pfam	`PF12368`	Rhodanese_C	Family	166	231	6.8e-15	55.9	Rhodanase C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947565.1
ATGAGTCATGAGCATGTTGTTGCAGCAGGTCCCACTATAGGGACTTCAAAGGCAAAAGAACTGGTGACGTTAAGCTCTCATCCCTTGTTGAAGTCTCCGGAGATTTCAAATGCTGGGAGACATCTCTCGGCAGCTGAATTTCACTCTGTTCTTCAGAATGCTGGTGAATGTCAAGAGTTAAGTAGTGGCTCCAACAAGGAACTGATACTGTTAGATGCAAGAAACTTGTACGAGACGAGAATAGGCAAGTTTCATGCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018868
ATGAGTCATGAGCATGTTGTTGCAGCAGGTCCCACTATAGGGACTTCAAAGGCAAAAGAACTGGTGACGTTAAGCTCTCATCCCTTGTTGAAGTCTCCGGAGATTTCAAATGCTGGGAGACATCTCTCGGCAGCTGAATTTCACTCTGTTCTTCAGAATGCTGGTGAATGTCAAGAGTTAAGTAGTGGCTCCAACAAGGAACTGATACTGTTAGATGCAAGAAACTTGTACGAGACGAGAATAGGCAAGTTTCATGCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803548.1
MSHEHVVAAGPTIGTSKAKELVTLSSHPLLKSPEISNAGRHLSAAEFHSVLQNAGECQELSSGSNKELILLDARNLYETRIGKFHAPDIKTLDPAIRQYSDLPSWIDDNSEQLWGNNILMYCTGGIRCEMASAYIRSKGAGFENVFQLYGGIQRYMEQFPDGGFFKGKNFVFDHRVSVGSLDPIVLGTCLLCGVSFDNYTSRCRCTHCRMLVLVCDHCREINRSYVCELCQKDGKPV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器