当前解析结果
SmilChr03G002875| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002875 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002875 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G002875 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 45426218 - 45438535 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018871 |
|---|---|
| GeneID | 131018871 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018871 |
| 原始查询 | SmilChr03G002875 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | AT3G24255 (AT3G24255)RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=31.2; qcov=0.212; evalue=3.69e-10; confidence=weak |
| Rice | Os06g0484800- identity=24.8; qcov=0.78; evalue=9.42e-22; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018871 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057803550.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057803550.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803550.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803550.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057803550.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:45426335 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B94,C14 |
Chr3:45426349 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 127 | A10,A13,A20,A24,A25,A4,B10,B104,B105,B106,B110,B111,B112,B113,B118,B120,B121,B122,B123,B126,B127,B129,B130,B131,B132,B133,B134,B136,B137,B139,B140,B16,B17,B2,B23,B24,B27,B29,B30,B31,B32,B33,B34,B36,B37,B41,B44,B45,B46,B48,B57,B59,B6,B61,B64,B65,B67,B69,B7,B70,B74,B75,B79,B81,B84,B86,B87,B90,B91,B92,B95,B97,B98,C12,C13,C14,C15,C17,C20,C22,C25,C27,C29,C30,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C5,C50,C51,C53,C55,C58,C59,C6,C62,C7,C70,C71,C75,C76,C78,C79,C80,C81,C84,C85,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D4,D5,D6,D7,D9 |
Chr3:45426499 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,B135,B76 |
Chr3:45426546 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B85,D11 |
Chr3:45426568 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B62,C80,C87 |
Chr3:45426603 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 21 | A19,A25,B126,B16,B33,B7,B79,B87,B98,C15,C30,C39,C45,C54,C58,C70,C78,C84,C85,C87,D4 |
Chr3:45426606 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr3:45426607 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B123 |
Chr3:45426608 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A10,B48 |
Chr3:45426659 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C55,D8 |
Chr3:45426661 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,B48,D6 |
Chr3:45426920 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C28,C51 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803550.1PF00078
RVT_1 275-371 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803550.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 275 | 371 | 2.1e-18 | 67.6 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。